BI296Linux操作系统与shell开发的理论与实践-上海交通大学生命科学.doc

《Linux操作系统与shell开发的理论与实践》 课程教学大纲 课程基本信息（Course Information） 课程代码 （Course Code） BI296 *学时 （Credit Hours） 32 *学分 （Credits） 2 *课程名称 （Course Title） Linux操作系统与shell开发的理论与实践 Linux Programming for Bioinformatics *课程性质 （Course Type） 专业基础课 Compulsory 授课对象 （Target Audience） 生物信息学专业的本科学生 Undergraduates majored in bioinformatics *授课语言 (Language of Instruction) 中英双语 Chinese + English *开课院系 （School） 生命科学技术学院 School of Life Sciences and Biotechnology 先修课程 （Prerequisite） 无 None 授课教师 （Instructor） 吴茂英 Maoying Wu 课程网址 (Course Webpage) /course/bi296 /ricket-sjtu/bi296 *课程简介（Description） Linux操作系统的编程开发课程，是生物信息学专业与生物数据相关本科专业的专业基础课程。本课程在系统介绍Linux操作系统的发展历史和计算机基础软硬件基础知识的基础上，要求学生熟练掌握常用的Linux命令，进行操作系统的管理与配置，熟悉基本的Bash脚本编程思想，并将正则表达式应用于文本数据分析和管理。此外，课程还将着重介绍C程序与库的编译与开发，同时拓展学生对类C程序开发的认知。最后，课程将介绍Python脚本编程的基本知识，并与计算机与生物信息学的一些基本数据结构和算法，以及目前蓬勃发展的数据科学结合起来，让学生对学科发展的前沿有更加深刻、直观的认识。作为一门专业基础课，本课程要求学生在掌握基本编程技能的同时，能将学到的知识应用于本学科的数据分析中，因此在课程中结合大量的生物信息学领域的应用，而非单纯的计算机编程课程。 *课程简介（Description） This course will provide a comprehensive, fast-paced introduction to Linux programming techniques required for the students majored in bioinformatics or related majors. Therefore, we need the participants to be enthusiastic and motivated. We expect the students to come to lectures and labs, ask questions when you get stuck, and run your code before turning it in. As a practical course, we will first introduce the command-line usage and the fundamental administration of the OS. The second session will get you familiar with the BASH programming as well as the regular expressions like BRE, ERE and PRE. The final session will have your feet wet with the most popular scripting language - Python in the era of data science and big-data. Finally you will grasp the object-oriented programming skills and apply it to the real-world data analysis and data mining tasks. 课程教学大纲（course syllabus） *学习目标(Learning Outcomes) 1. 了解计算机软硬件基础如计算机架构、进制等（A5.1） 2. 掌握Linux命令行的常用命令（A5.1） 3. 熟悉Linux操作系统的常用管理与配置（A5.1） 4. 掌握Shell编程开发尤其是Bash编程开发的语法与基本技巧