海峡两岸生物学启发的理论科学问题研讨会BITS8会议手册.doc

武汉物理生物学中心2013年学术年会 2013年6月12-13日 华中科技大学物理学院 会议手册 承办单位: 华中科技大学 物理学院 更新日期：2013年6月3日星期一  会务组人员联系方式 姓名 联系方式 刘士勇黄延昭 肖奕 就餐时间及地点 就餐地点：科技楼南楼511会议室 就餐时间：午餐 （盒饭工作餐） 会议安排 6月12日，曾辰教授讲课，希望研究生积极参加，需要学生自带笔记本电脑 6月13日 ，学术报告，不同研究方向进行大脑风暴 会议时间及地点 时间：2013年6月12—13日 地点：华中科技大学物理学院 科技楼南楼511会议室 会场示意图：（请见封二） 报告安排 6月12日课程讲座 10:00~12:00 曾 辰 网络动力学（学生自带笔记本电脑） 12:00~13:00 午餐（盒饭工作餐） 13:00~15:00 曾 辰 网络动力学（学生自带笔记本电脑） 6月13日学术报告 蛋白质折叠、相互作用分子机制 08:30~09:30 周焕祥 ?Protein Association in Dilute and Crowded Solutions 09:30~10:00 梁 毅 Prion蛋白和Tau蛋白错误折叠与聚集的分子机制 10:00~10:30 李从刚 休息10分钟 （生物网络） 10:40~11:05 占 萌 复杂网络上的动力学及性质分析 11:05~11:30 易 鸣 芽殖酵母细胞Start检测点及网络熵 11:30~11:55 曾 辰 Process-driven inference of biological network structure: feasibility, minimality, and multiplicity 午餐盒饭（30分钟）（生物网络到动力学） 12:25~12:55 周焕祥 写作/~users/Zhou/Tips_on_writing.pdf 12:55~13:20 高恺夫 HPPK蛋白酶构象空间网络的分子动力学模拟研究 13:20~13:45 刘 森 Understand a time machine by design 休息10分钟 （生物分子动力学机制研究） 13:55~14:20 张文炳 核糖开关的动力学调控机制 14:20~14:45 吴英亮 计算机模拟在蝎毒素多肽与钾离子通道相互作用多样性研究中的应用 14:45~15:10 龚洲 联合溶液顺磁弛豫增强与分子动力学模拟研究蛋白质动态学 休息10分钟 (生物信息学) 15:20~15:45 陈长军 多肽分子反应路径的优化模拟 15:45~16:10 潘 磊 豇豆基因组的生物信息学研究进展简介 16:10~16:35 杨利建 MicroRNA在生物分子信号通路中的调控作用研究 16:35~17:00 刘士勇 RNA-蛋白质相互作用研究 结束 报告摘要 芽殖酵母细胞Start检测点及网络熵 易鸣 副研究员 中国科学院武汉物理与数学研究所 揭示细胞内部复杂的系统行为是目前计算生物学的一个重要任务。当细胞受到内外信号刺激时，细胞在不同命运之间进行抉择对于细胞的生命过程是十分重要的：如单细胞有机体为适应环境的变化，需要作出关键的抉择来进入不同的生命周期阶段;在多细胞生物发育过程中，前体细胞要选择发展成特异的细胞类型。作为最简单的真核生物，芽殖酵母细胞常被当作 模式生物，用于研究生命过程相关的 分子机制。 基于前人单细胞水平的实验数据，我们整合了芽殖酵细胞周期基因调控网络以及细胞交配信号转导网络，研究了命运抉择的分子机制[Biophysical Journal, 104( 10), 2282-2294, 2013]。通过数学建模和动力学分析，探讨了细胞周期Start 检测点的规律，定量重现了若干实验发现，对细胞什么时候进行命运抉择、细胞如何作出正确的命运抉择、确保细胞作出正确抉择的关键蛋白和反应是什么等科学问题进行了分析；另外，我们发现“网络熵”演化到最大值的时候恰好对应细胞命运抉择的临界点，从而给出了Start监测点的一个不同于前人的定义，这种精确的对应在噪声作用下、分子网络拓展下显示了很强的鲁棒性。 芽殖酵母细胞命运抉择分子调控网络 相关的转录调控及翻译后调控 邮箱： yiming[at] HPPK蛋白酶构象空间网络的分子动力学模拟研究 高恺夫1,何宏庆1,杨明晖1,严宏高2 1.中国科学院武汉物理与数学研究所 2.Department of Biochemistry and Molecular Biology, Michigan State University HPPK蛋白酶是用来催化焦磷酰从ATP转移到HP这一化学反应过程的，该反应是重