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2.随机引物介导法制备生物素酰化探针 (三)两种新标记法 扫若仑标记和分子灯塔探针 1.扫若仑标记 扫若仑(psoralen)是一种天然的三环化合物,其带有胺活性基团衍生物可用来标记多种核酸(如DNA、RNA、PCR产物和寡核苷酸等)。用其制成的探针灵敏度高(可达fg级别) 扫若仑标记为非酶促反应,是用波长320~400nm的紫外光照射,引起光循环反应,使带胺基的扫若仑以三环平面形式插入核酸分子,并以共价键结合形成探针,DNA和RNA时,共价键结合的位置分别在dT和U处;探针中扫若仑衍生物的含量与核酸中胸苷( dT )或尿苷(U)的含量成正比关系 2.分子灯塔探针 概念 用新的非核素化合物标记,用于检测特别序列核酸的核酸探针 特征 ①由25个核苷酸组成 ②灯中间环形的15个核苷酸与靶DNA是互补序列;灯竿一端的5个核苷酸与另一端的5个核苷酸是互补 ③在5’ 和3’端分别耦合一种荧光素(发光剂)和非荧光素(熄灭剂) 分子灯塔探针的熄灭剂可吸收发光剂发射的能量。在室温条件下,分子灯塔的构型可确保发光剂和熄灭剂紧密互补结合,致使荧光基团处于熄灭状态,无荧光产生;一旦当灯塔探针的15个核苷酸与靶DNA或RNA序列杂交时,其发光剂和熄灭剂便相互分离,产生荧光 三、核素标记 标记核酸的核素有32P、33P、35S和3H。其中 32P是制备高比活度放射性探针常用的一种同位素;33P比32P使用安全;35S能量低,不会引起核酸损伤,常用于制备稳定的比活度低的探针,但对许多酶的活性有影响;3H标记的探针常用于原位杂交、核酸的合成和降解分析 由于不同放射性同位素对人体伤害和环境污染程度不同,因此实际操作时根据检测要求结合实验室条件选择相应的标记方法 (一)双链DNA探针 1.切口平移法 原理 类似于非核素DIG标记中的切口平移法,所不同的是,此处用高放射活性标记的核苷酸置换原来的核苷酸 操作要点 将DNase和E.coli-DNA-polⅠ催化的反应分开进行,这样可避免DNase在聚合反应过程中降解DNA 2.随机引物介导法 方法与DIG-随机引物介导法制备DNA探针相似,即用DNase水解小牛胸腺DNA(或鲑鱼精DNA),产生6~12核苷酸的单链DNA或随机6聚合体核苷酸的混合物作为引物;以变性的闭环DNA或线性DNA作为模板,在klenow片段的催化作用下,介导产生DNA探针 分为游离DNA片段为模板和固定DNA片段为模板制备探针 (1)以游离DNA片段为模板制备探针 模板DNA用限制性内切酶消化,电泳纯化或乙醇沉淀后,与其他试剂混合制备探针 (2)以固定DNA片段为模板制备探针 DNA经电泳后,用EB染色,切下DNA色带,加水后沸水浴使其变性,然后37℃(固定),再加其他试剂室温或37℃制备探针 (二)RNA探针的制备(体外转录法) 四、标记物纯化 标记物纯化就是除去未标记的同位素或非同位素产物 并非所有探针都需纯化,通常用于膜杂交的探针不需纯化,而用于原位杂交的探针则需要纯化。常用的纯化方法有萃取/沉淀法、层析法、离心法和电泳法等 (一)EtOH沉淀法 ①加1μl糖原溶液(20mg/ml)到含探针的试管中,混匀 ②加2~3倍体积冷EtOH,低温沉淀,离心分离沉淀,并用少量70%冷EtOH洗涤 ③干燥的沉淀物溶于TE缓冲液中,低温贮存 (二)层析法 SepharoseCL-4B柱层析 层析结果用PAGE检测 SephadexG-50或G-25柱层析 五、探针的鉴定 主要鉴定探针的长度、示踪物的掺入率及特异性 (一)杂交法 用靶DNA或RNA鉴定探针的特异性 根据示踪物的性质,采取相应方法(如荧光、化学发光、酶联免疫等)检测其含量 根据凝胶电泳Rf值检测探针长度 (二)酸沉淀法 主要用于测定放射性核素标记的探针,检测放射性核素的掺入率。 原理:先用强酸(如冰乙酸)沉淀探针(与前体dNTP、NTP分离),再测定其放射性强度;根据放射性强度计算放射性核素的掺入率 (三)色谱法 如用DIG标记的探针其酯溶性增强,可用RP-HPLC分离检测 ? (四)比色法 根据标记物在某条件下能呈色的性质,采取相应的显色剂显色后,比色 (五)发光法 先用紫外照射法将靶DNA交联到膜(如尼龙膜)上,再使探针DNA或RNA与交联到膜上的DNA杂交,封藏,至暗室中暴光,用合适的X线片接收,并用图像仪对印记斑点进行扫描 第二节 蛋白质(酶、抗体)标记 通常抗体与抗原、酶与底物、激素与受体等物质之间发生的特异反
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