一种扩展的Post类函数及其对基因调控机制的影响.pdfVIP

第７期 电　　子　　学　　报 Ｖｏｌ．４４　Ｎｏ．７ ２０１６年７月 ＡＣＴＡＥＬＥＣＴＲＯＮＩＣＡＳＩＮＩＣＡ Ｊｕｌ．　２０１６ 一种扩展的Ｐｏｓｔ类函数及其对基因 调控机制的影响 １ １ ２ １ 许　鹏 ，欧阳宏嘉 ，沈良忠 ，刘文斌 （１．温州大学物理与电子信息工程学院，浙江温州３２５０３５；２．温州大学城市学院，浙江温州３２５０３５） 　　摘　要：　已有的理论分析表明，有序函数对网络的运行及其动态行为具有重要的影响．Ｐｏｓｔ类函数是目前发现 的数量最大的一种有序函数，其缺点是它仅反映了基因之间的正调控机制．本文在Ｐｏｓｔ类函数的基础上，将其扩展为 一种同时具有正负调控机制的函数类．仿真结果表明：扩展的Ｐｏｓｔ类函数在维持网络的有序性及长程相关性方面，和 原有的Ｐｏｓｔ类函数以及渠化函数类似．同时与已有的Ｐｏｓｔ类和渠化函数相比，新扩展的Ｐｏｓｔ类函数量最多．从进化的 角度，新扩展的函数更有可能成为自然进化选择的调控方式．通过对八种真实生物系统布尔网络模型函数分布的研 究，也部分的支持这一结论． 关键词：　布尔网络；动态行为；Ｐｏｓｔ类函数；基因调控网络 中图分类号：　ＴＰ３９１　　　文献标识码：　Ａ　　　文章编号：　０３７２２１１２（２０１６）０７１６８９０５ 电子学报ＵＲＬ：ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｊｏｕｒｎａｌ．ｏｒｇ．ｃｎ　 ＤＯＩ：１０．３９６９／ｊ．ｉｓｓｎ．０３７２２１１２．２０１６．０７．０２４ ＴｈｅＳｔｕｄｙｏｆａｎＥｘｔｅｎｄｅｄＰｏｓｔＣｌａｓｓＦｕｎｃｔｉｏｎｓａｎｄｉｔｓＩｎｆｌｕｅｎｃｅ ｏｎｔｈｅＧｅｎｅＲｅｇｕｌａｔｏｒｙＭｅｃｈａｎｉｓｍ １ １ ２ １ ＸＵＰｅｎｇ，ＯＵＹＡＮＧＨｏｎｇｊｉａ，ＳＨＥＮＬｉａｎｇｚｈｏｎｇ，ＬＩＵＷｅｎｂｉｎ （１．ＤｅｐａｒｔｍｅｎｔｏｆＰｈｙｓｉｃｓａｎｄＥｌｅｃｔｒｏｎｉｃＩｎｆｏｒｍａｔｉｏｎＥｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，ＷｅｎｚｈｏｕＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｗｅｎｚｈｏｕ，Ｚｈｅｊｉａｎｇ３２５０３５，Ｃｈｉｎａ； ２．ＣｉｔｙＣｏｌｌｅｇｅ，ＷｅｎｚｈｏｕＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｗｅｎｚｈｏｕ，Ｚｈｅｊｉａｎｇ３２５０３５，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：　Ｔｈｅｏｒｅｔｉｃａｌａｎａｌｙｓｉｓｒｅｖｅａｌｓｔｈａｔｏｒｄｅｒｅｄｆｕｎｃｔｉｏｎｓｐｌａｙａｎｉｍｐｏｒｔａｎｔｒｏｌｅｉｎｔｈｅｒｕｎｎｉｎｇａｎｄｄｙｎａｍｉｃａｌｂｅ ｈａｖｉｏｒｏｆｎｅｔｗｏｒｋｓ．Ｐｏｓｔｆｕｎｃｔｉｏｎｃｌａｓｓｈａｓｂｅｅｎｋｎｏｗｎａｓｔｈｅｍａｘｉｍａｌｏｒｄｅｒｅｄｆｕｎｃｔｉｏｎ．Ｈｏｗｅｖｅｒ，ｉｔｏｎｌｙｄｅｓｃｒｉｂｅｓｔｈｅｐｏｓｉ ｔｉｖｅｒｅｇｕｌａｔｏｒｙｍｅｃｈａｎｉｓｍａｐｐｅａｒｅｄｉｎｇｅｎｅｔｉｃｒｅｇｕｌａｔｏｒｙｎｅｔｗｏｒｋｓ．Ｉｎｔｈｉｓｐａｐｅｒ，ｗｅｅｘｔｅｎｄｔｈｅＰｏｓｔｆｕｎｃｔｉｏｎｃｌａｓｓｓｏｔｈａｔｉｔ ｃｏｎｔａｉｎｓｂｏｔｈｔｈｅｐｏｓｉｔｉｖｅａｎｄｎｅｇａｔｉｖｅｒｅｇｕｌａｔｏｒｙｍｅｃｈａｎｉｓｍ．ＳｉｍｕｌａｔｉｏｎｒｅｓｕｌｔｓｓｈｏｗｔｈａｔｔｈｅｅｘｔｅｎｄｅｄＰｏｓｔｆｕｎｃｔｉｏｎｃｌａｓｓ ｃａｎｐｒｅｓｅｎｔｓｉｍｉｌａｒｄｙｎａｍｉｃａｌｃｈａｒａｃｔｅｒｓａｓｔｈｅｏｒｉｇｉｎａｌＰｏｓｔｃｌａｓｓａｎｄＣａｎａｌｉｚｉｎｇｆｕｎｃｔｉｏｎｃｌａｓｓ．Ｉｔｈａｓｔｈｅａｂｉｌｉｔｙｔｏｋｅｅｐｏｒ ｄ