常用生物软件(软件和引物设计总结).ppt

载入序列 Preimer Premier 启动界面 Load sequence 粘贴序列窗口 这一窗口使得一段核酸序列通过选择以四种不同的方式粘贴上去（CTRL-V） 基本信息 Sequence name Original sequence Use these two button to translate the DNA seq to a protein seq or a protein seq to a DAN seq 8种密码子偏好 Choose a function 引物设计界面 First you can design the primer manually Sense strand or anti-sense strand Useful information of the primer 引物搜索选项设定 引物类型 搜索模式 5’引物位置范围 3’引物位置范围 产物大小范围 引物长度 引物手动搜索选项设定 搜索结果 28对引物 引物分值 100分为满分 每对引物的信息 双击选中一对引物 引物信息 回到主窗口 引物及产物信息 是否出现hairpin,dimer,false priming and cross dimer 引物编辑 引物编辑 Edit primer here Analysis the edit result Accept the edit result Return to the main window (2) Oligo 6.44使用介绍 启动界面 Open sequence file 3个弹出窗口 Melting temperature ?G Internal Stability Frq为邻近6至7 个碱基组成的亚单位在一个指定数据库文件中的出现频率。该频率高则可增加错误引发的可能性。 选中引物 上游引物 下游引物 只是示意图 引物分析 Key information of primer Hairpin Dimer and cross Dimer GC% Total PCR information Final PCR information Search for primer using Oligo 6.44 Search primer 知识回顾Knowledge Review 常用生物软件及使用概述 也许不必将它当成您的研究领域但您最好知道如何使用这个工具 一、管理实验室数据及文献资料 查阅实验相关文献,以便对自己所要做课题的最新进展有一个基本的了解，从而确定自己的实验策略；同时，方便实验室结果的储存，管理和申报工作。常用软件： 1、Reference Manager （可以在线通过查找关键词搜索PubMed等多个数据库中的专业资料,同时保存查找的资料为本地文件。 ） 2、 Endnote（一个在线专业资料查找系统,可以保存查找资料,并在文章中对引用格式化. ） 3、医学文献王（特长在中文期刊的系统化，也支持外文文献数据库） 二、分析和处理实验数据和公共数据 随着实验的进行，就必须对实验过程中的DNA、RNA和蛋白质的信息进行各种处理，包括限制酶分析、引物设计、同源序列比较、质粒作图、结构域(motif)查找、RNA二级结构预测、蛋白二级结构分析、三维结构显示等方面的内容。 1、限制酶分析 推荐软件： DNAssist 1.0 大多软件只对线性序列进行分析，那么cNNNNN……… NNNgaatt环状的序列就找不到EcoR I的位点，DNAssist 1.0能很容易把这个EcoR I位点找出来。 另外DNAssist在输出上非常完美，除了图形、线性显示外，还有类似DNASIS的列表方式，列出所有的位点（按酶排列，按碱基顺序排列） 另外，Vector NTI 亦是一选择 2、引物设计 Oligo 6 （引物评价）* Primer Premier （自动搜索）* Vector NTI Suit （综合分析） Primer Express(实时定量PCR引物和探针设计) Omiga Dnastar Primer3 （在线服务）* 3、同源序列比较 NCBI的BLAST; ExPASy的Alignment GeneDoc 3.2 Clustal X Vector NTI Omiga，Bioxm ，LaserGene，pcgene等 4、质粒作图 Gene Construction Kit WinPlas 2.7 Plasmid Premier2.02 Plasmid Toolkit 5、结构域(motif)查找 推荐软件：Primer Premier 5.0 Primer Premier 5.0的结构域查找功能与它的引物设计一样强，