并行算法的设计与分析(9).ppt

基于周期性正文串多轮分配策略的近似串匹配并行算法的实验结果(2) 纵轴为并行近似串匹配完成时间(微秒)，横轴为正文串规模；模式串长度为5，从处理机个数为6 固定模式串长度和从处理机数而正文串规模增大时周期性多轮分配和单轮分配正文串的近似串匹配并行执行时间的变化情况 上述实验结果表明：周期性最优多轮分配策略下的并行近似串匹配所需的时间明显比最优单轮分配策略下的并行近似串匹配所需的时间短。 人有了知识，就会具备各种分析能力， 明辨是非的能力。 所以我们要勤恳读书，广泛阅读， 古人说“书中自有黄金屋。 ”通过阅读科技书籍，我们能丰富知识， 培养逻辑思维能力； 通过阅读文学作品，我们能提高文学鉴赏水平， 培养文学情趣； 通过阅读报刊，我们能增长见识，扩大自己的知识面。 有许多书籍还能培养我们的道德情操， 给我们巨大的精神力量， 鼓舞我们前进。 * 9.3 CREW-PRAM模型上允许k- 差别的近似串匹配并行算法 水平和斜向双并行计算编辑距离的允许k-差别的近似串匹配并行算法实验 (b) 丛轴为并行算法的加速比，横轴为处理器数目，正文长度固定为2MB， 模式长11个字符，编辑距离阈值为1 测试目的：固定正文和模式规模，增加处理器规模对并行算法加速的影响。 结论：并行算法保持接近于线性的亚线性加速趋势。 9.4 LARPBS模型上允许k- 误配的近似串匹配并行算法钟诚，陈国良.软件学报,2004, 15(2):159-169 9.4.1 汉明距离(Hamming distances)与允许k-误配的近似串匹配 (Approximate string matching with k-mismatch characters) 定义4 对于任意的两个字符a,b∈∑，定义布尔函数fb()： 设串X=x1x2…xn ，Y=y1y2…yn∈ ，定义X和Y的汉明距离ham(X, Y)： ham(X, Y)= 定义5 设模式Pat=Pat [1‥m]，正文T=T [1‥n]，mn，任意给定一个整数k，0≤km，所谓允许k-误配的近似串匹配问题是指在正文中寻找出所有满足条件ham(Pat, Ti)≤k的匹配起始位置i，其中正文子串Ti= T [i‥i+m-1]，1≤i≤n-m+1。 9.4 LARPBS模型上允许k- 误配的近似串匹配并行算法 9.4.2 LARPBS计算模型 LARPBS 模型（Linear Arrays with Reconfigurable Pipelined Bus System ）——可重构流水线总线系统线性阵列模型，它使用光总线连接处理器 。 处理器 光有向耦合器 特征： ◆ 单向传输 ◆ 极强的通信能力 ◆ 可以动态重构成 l 个独立的光总线子系统，2≤l≤n，这些光总线子系统可以独立进行不同的计算而相互不受干涉。 1 0 2 N-1 9.4 LARPBS模型上允许k- 误配的近似串匹配并行算法 LARPBS计算模型的基本数据移动操作及其复杂度 引理3 光总线上每个处理器将1个数据项发送给另一个处理器的操作称为点对点通信，点对点通信可以在 1个总线周期内完成。 引理4 源处理器将其局部寄存器的数据值发送到光总线上所有n个处理器的操作称为广播，广播操作可以在 1个总线周期内完成。 引理5 源处理器将其局部寄存器的数据值发送到光总线上若干个处理器的操作称为一对多广播即多播。多播操作可以在1个总线周期完成。 引理6 假设n个数据分布在光总线上的n个处理器中，每个处理器保存1