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物质中芳环堆积的正确表达方式 第42卷第12期 2008年12月 浙江大学学报(工学版)JournalofZhejiangUniversity(EngineeringScience)Vo1.42No.12 Dec.2008 DOI:10.3785/j.issn.1008—973X.2008.12.036 物质中芳环堆积的正确表达方式 王筱慧,杨倩,聂晶晶 (1.浙江建设职业技术学院基础部,浙江杭州311231;2.浙江大学化学系,浙江杭州310027) 摘要:通过一些晶体结构的实例指出,目前广泛采用的质心距小于0.4nm的判据,在许多情况下并不能正确反 映物质中的芳环堆积现象.为了正确判断在平行的芳香化合物之间是否存在近距离的芳环堆积现象,通过理论推 算,给出了合理的判断依据:环平面的间距显着小于0.36nrn的范德华厚度,相邻芳环在平面法线方向的投影相互 重叠或部分重叠,以上两者需同时满足.晶体学采用的是以晶胞为基础的斜坐标系,为了正确计算斜坐标系中平行 平面的间距,利用转换矩阵,将斜坐标转换成归一化的笛卡儿坐标,在此基础上得出平行芳环之间面间距的正确计 算方法. 关键词:芳环堆积;芳环堆积的判据;质心距;平面间距;投影重叠 中图分类号:TB3文献标识码:A文章编号:1008—973X(2008)12～2228～O5 Correctexpressionforaromaticstackinginmatters WANGXiao—hui,YANGQian,NIEJing～jing (1.ZhejiangCollegeofConstruction,BasicScienceDepartment,Hangzhou311231,China; 2.DepartmentofChemistry,ZhejiangUniversity,Hangzhou310027,China) Abstract:Withseveralexamplesofsinglecrystalstructuresofcompoundsincorporatingaromaticrings, thecriterionofthecentroidsdistanceof0.4nmbetweenparallelringswasprovedtobeunreliableinsome cases.Inordertocorrectlyjudgeifaromaticstackingexistsbetweentwoparallelornearlyparallelaromat— iccompounds,anappropriatecriterionwasproposedtobethat:significantlyshorterface—to—facesepara— tionthanthevanderWaalsthicknessof0.36nmforaromaticring,andoverlappedorpartiallyoverlapped arrangementbetweenaromaticringsintheprojectdirectionalongthenormaloftheringplane.After transformationfromcrystall0graphiccoordinatestoorthogonalcoordinates,acalculationmethodforthe face—to—faceseparationbetweenparallelaromaticringswasgiven. Keywords:aromaticstacking;criterionforaromaticstacking;centroidsdistance;face—to—faceseparation; overlappedproject 近年来,超分子体系的研究引起了科学家的广 泛关注.超分子体系的形成主要依赖于分子间的氢 键,芳环堆积等非共价作用力,其中的芳环堆积是指 平行(或近似平行)取向的芳香环之间近距离重叠堆 积的现象.花芳环化合物分子结构中存在着离域大 7r键,大丌键分布在芳环的两侧.因为相邻芳环上大 收稿日期 基金项目 作者简介 电子相互排斥,所以相邻的芳环不能靠得太近.通 常情况下,当相互平行的芳环保持正常范德华接触 时,芳环最小二乘平面之间的距离约为0.36nm,所 以芳环的范德华半厚一般被公认为0.18nmL1].但 是,近年来在晶体结构测定中发现,在一些平行堆积 的芳环之间,面间距只有0.35～0.32nmL2].这种 :2007—07—24.浙江大学学报l工学版)网址:WWW./eng :国家自然科学基金资助项目. :王筱慧(1956--),女,浙江杭州人,剐