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蛋白质分子的运动——功能、相互作用 生物大分子发挥生理功能所需的三个条件：分子结构、分子运动和变化以及分子间的相互作用。 一、生物大分子相互作用的力： 1. 非共价键的作用；离子键、氢键、范德华力、疏水键。信息的传递及利用极大地依赖弱的非共价键。它们不仅决定着生物大分子的三维结构，还决定着这些结构如何与其它结构相互作用。 2. 作用力特点：分子的结合与解离； 1、蛋白质之间相互作用的结构模式：通过蛋白质的模体或基元（motif）或结构域而发生相互作用 α螺旋和β片层参与的特定组合 β发夹 β拱形 β-α-β模体 α-α模体 2、蛋白质的结合位点：一个蛋白质分子与其配体之间的结合需要在两个分子的特定部位之间形成很多弱化学键，两分子间相互作用的部位称为结合位点。仅仅属于多肽链的一小部分，其余的氨基酸残基为维持正确的空间位置所必需。 3、蛋白质之间相互作用的特异性：由其结合位点决定。两分子的结合位点必需存在能够配对形成非共价键的基团，而且每对基团在空间上恰好能达到形成非共价键的最佳距离。 信号传递过程中，正是通过蛋白质分子之间相互作用的特异性而保证信号传递的特异性。 三、DNA—蛋白质相互作用： （二）DNA-蛋白质相互作用中的序列特异性 1、序列特异识别的结合能：依赖两种类型的相互作用。一是多肽链与DNA大沟暴露的碱基之间通过氢键和范德华力建立的联系；二是多肽链中的碱性氨基酸与戊糖-磷酸骨架之间 的电荷联系。 2、序列特异结合的结构基元：螺旋-转角-螺旋（helix-turn-helix，HTH），锌指结构（zinc finger motif） 蛋白质相互作用的研究 热力学平衡 生物学角度 生物物理角度 荧光共振能量转移技术（FRET） 质谱技术鉴定蛋白质相互作用复合物 基本原理：在靶蛋白与目标蛋白质经过特异性相互作用后，用质谱技术对得到的蛋白质复合体进行鉴定。 为什么说蛋白质是生命活动最重要的物质基础？蛋白质元素组成有何特点？ 什么是肽、肽链和肽键？ 什么是蛋白质等电点（pI）？聚赖氨酸（poly Lys）在pH 7时呈无规则线团，在pH 10时则呈α-螺旋；聚谷氨酸（poly Glu），在pH 7时呈无规则线团，在pH 4时则呈α-螺旋，为什么？ 举例说明几个主要分离纯化蛋白质方法的原理？ 超速离心机的转速为58000 r/min时，（1）计算角速度?，以每秒的弧度表示，（2）计算距离旋转中心6.2 cm处的离心力。（3）此离心力相当于重力“g”的多少倍？ 蛋白质的一级结构包含哪些内容？了解蛋白质一级结构对于认识其高级结构有什么意义？ 蛋白质的二级结构是如何产生的？研究二级结构的意义？ 说明X射线用于解析蛋白质空间结构的原理。 简述Anfinsen实验主要内容及说明的问题。 蛋白质折叠问题为什么受到重视？它与疾病有什么关系？ 生物分子间的作用力主要有哪些，各有什么特点?蛋白质相互作用的主要特点? * §10 蛋白质的相互作用 二、蛋白质—蛋白质相互作用： （一） DNA-蛋白质相互作用的化学键 1、氢键:具有识别功能蛋白质的螺旋结构常与DNA的大沟相互作用。 2、疏水键：暴露于大沟侧缘的T-CH3基团是疏水性的，可与疏水氨基酸残基侧链相互作用。 3、离子键： HTH HTH模体：最初发现于λ噬菌体的阻遏蛋白中，现发现在很多原核及真核DNA结合蛋白中存在。由两个较短的α螺旋与其间含Gly残基的绞链组成。如大肠杆菌的CAP蛋白含一HTH结构域，HTH通过DNA双螺旋大沟识别、结合反向重复序列TGTG/CACA 物理化学角度 ——反应原理 热力学平衡 [PA] 解离 [P] + [A] 解离速率 = Koff [PA] [P] + [A] [PA] 结合速率 = Kon [P][A] 结合 平衡时： Kon[P][A] = Koff [PA] [PA] [P][A] = Kon Koff = K = 平衡常数（亲和力） 一、一个大分子有1个配体结合点 Kon 结合常数 Koff 解离常数 每个大分子上结合配体的平均数目： [PA] [P]+[PA] = K[P][A] [P]+K[P][A] = ? = K[A] 1+K[A] 二、一个大分子有2个配体结合点 每个大分子上结合配体的平均数目： [P] + [A] [PA] 结合 [P] + 2 [A] [PA2] 结合 [PA] [P][A] K1 = [PA2] [P][A]2 K2 = [PA] + [A] [PA2] 结合 [PA2] [PA][A] ?2 = [PA]+2[PA2] [P]+[PA]+[PA2] = K1[A]+2K2[A]2 1+K1[