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真菌分类与命名 真菌的分类单位，依次分为界(Regnum，Kingdom)，门(Division，Phylum)，纲(classis，Class)，目(Ordo，Order)，科(Familia，Family)，属(Genus)，种(Species)。种是基本单位，种以下还有亚种(subspecies)。 真菌分类的主要依据为：有性生殖的各种器官、无性菌丝、孢子和菌落形态特征等。真菌分类系统较多，目前尚未统一，近年来趋向采用安斯沃斯(Ainsworth)等人的《真菌学词典》所介绍的分类系统。该系统认为真菌属于单独成立的真菌界(Fungi)，界以下分为粘菌门(Myxomycota)和真菌门(Eumycota)，通常所称的真菌即指真菌门菌。真菌门下分为5个亚门：鞭毛菌亚门(Mastigomycotina)、接合菌亚门(Zygomycotina)、子囊菌亚门(Ascomycotina)、担子菌亚门(Basidiomycotina)和半知菌亚门(Deuteromycotina)。其中与医学有关的有4个亚门：①接合菌亚门：营养体是菌丝体，绝大多数没有隔膜，有性繁殖形成接合孢子(zygospore)，无性繁殖产生孢子囊孢子(sporangiosDore)。如毛霉菌(Mucor)和根霉菌(Rhizopus)等；②子囊菌亚门：营养体是有隔膜的菌丝体，极少数是单细胞，有性生殖形成子囊和子囊孢子(ascospore)，无性繁殖产生分生孢子(conidium)。如芽生菌属(Blastomyces)、组织胞浆菌属(Histoplasma)、小孢子菌属(Microsporum)、毛癣菌属(Trichophyton)和酵母菌属(Saccharomyces)等；③担子菌亚门：营养体是有隔膜的菌丝体，有性生殖形成担孢子。如致病性真菌新生隐球菌(Cryptococcus neoformans)；④半知菌亚门：也称不完全菌亚门，营养体是有隔膜的菌丝体或单细胞，对此类真菌生活史了解不完全，只有无性繁殖阶段，未发现其有性阶段，称为半知菌。在医学上有重要意义的绝大部分致病真菌属于此亚门。 最新的真菌分类把真菌界分为4个门，分别为接合菌门(Zygomycota)、担子菌门(Basidiomycota)、子囊菌门(Ascomycota)和壶菌门(chytridiomycota)。而把属于半知菌亚门中的真菌划分到前3个门中，并取消了粘菌。另外，由于卡氏肺囊虫(Pneumocystiscarinii，Pc)囊虫壁的超微结构类似真菌细胞，大多数学者认为其应属于真菌，将其称为卡氏肺孢菌。 在真菌的现代分类学中引入了分子生物学技术，应用较多的主要有核糖体脱氧核酸(rDNA)序列测定，线粒体DNA限制性片段多态性(RFLP)分析，随机扩增多态性(RAPD)分析及脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析等。应用分子生物学技术从遗传进化角度阐明真菌种群之间和种间内的分类学关系是目前真菌分类学研究的热点。 真菌的命名采用生物学中一贯沿用的以“双名制”为基础的国际植物学命名法，即属名加种名，构成学名。真菌的学名用拉丁词或拉丁化的词构成。第一个词是属名，用拉丁文名词，第一个字母必须大写。第二个词是种名加词，用拉丁文形容词，字母一律小写。后面附首次发现并命名者的姓和命名年份(一般使用时可省略)。今后若有新的发现及更改，即种名发生转移，则再加上修改者的姓，而将最初命名者的姓加上括弧，并更改年份。 真菌的属名和种名加词往往是指产生孢子的方式、孢子的特点、菌落颜色或质地、气味或其他较显著的特征。此外，有些真菌的属名或种名加词用以对某真菌学家表示敬意，将其姓定为属名或种名加词。也有种名加词是由地方名称衍生而来或指生存场所。另有些寄生真菌的种名加词来自寄生植物的属名。当某真菌只知其属名，而其种名加词未确定时，其种名加词可用sp.或spp．表示。