联苯培养条件下红球菌r04转录表达和苯甲酸代谢途径解析.pdfVIP

Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｐａｐｅｒ　 　 研究报告 微生物学报ＡｃｔａＭｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｉｃａ Ｓｉｎｉｃａ ５５(７):８５１－８６２ꎻ４ Ｊｕｌｙ２０１５ ＩＳＳＮ０００１－６２０９ꎻＣＮ １１－１９９５/ Ｑ ｈｔｔｐ:/ / ｊｏｕｒｎａｌｓ.ｉｍ.ａｃ.ｃｎ/ ａｃｔａｍｉｃｒｏｃｎ ｄｏｉ:１０１３３４３/ ｊ.ｃｎｋｉ.ｗｓｘｂ 联苯培养条件下红球菌Ｒ０４ 转录表达和苯甲酸代谢途径解析 杨秀清ꎬ席婧雯 山西大学生物技术研究所ꎬ化学生物学与分子工程教育部重点实验室ꎬ山西 太原　 ０３０００６ 摘要:【目的】研究不同碳源ꎬ特别是联苯条件下红球菌的细胞转录应答ꎬ以挖掘与多氯联苯(ＰＣＢｓ)转运、代 谢及其调控相关的基因ꎬ为进一步全面理解ＰＣＢ微生物降解的分子机制奠定基础ꎮ 【方法】 以一株多氯联 苯降解菌红球菌(Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐ. Ｒ０４)为材料ꎬ分别提取不同碳源(乙醇、葡萄糖和联苯)培养条件下菌体的 总ＲＮＡꎬ反转录合成ｃＤＮＡꎮ 采用高通量测序法分别对这三种样品进行转录组测序ꎬ分析测序数据得出全基 因组表达模式ꎬ并对不同条件下的基因表达进行差示分析ꎬ进而对联苯代谢网络和红球菌中其他基因的转录 调节和代谢应答反应做出相关性分析ꎮ Ｑ￣ＲＴ￣ＰＣＲ分析不同碳源培养条件下的基因表达情况ꎮ 【结果】 测 序结果表明ꎬ与葡萄糖和乙醇相比ꎬ联苯培养条件下明显上调(ｌｏｇ２ Ｒａｔｉｏ≧１)基因个数分别为３７５ 和３３２ 个ꎮ 与葡萄糖相比ꎬ联苯培养条件下ꎬ相关基因上调表达量与Ｑ￣ＲＴ￣ＰＣＲ实验结果基本一致ꎮ 功能分类获得 细胞组分、分子功能和生物学过程三大类别１６０ 多个细小分支的差示表达基因ꎬ部分基因参与联苯代谢转录 调控、联苯转运、抗氧化应激反应以及信号传导通路系统等多种生理过程ꎮ 参与联苯上游代谢途径的众多同 工酶基因中ꎬ只有ｂｐｈＣ２ 和ｂｐｈＤ１在联苯中大量上调表达ꎬ其余同工酶在联苯中基本量不变或下调表达ꎮ 转 录组注释及差示分析推测ꎬ红球菌Ｒ０４ 中苯甲酸的代谢主要是通过儿茶酚邻位途径、间位途径以及原儿茶 酸途径三条代谢途径完成ꎮ 【结论】 与葡萄糖和乙醇相比ꎬ红球菌Ｒ０４ 在联苯培养条件下基因表达差异明 显ꎬ这为我们进一步解析多氯联苯代谢特征和代谢调控提供理论依据ꎮ 关键词:联苯代谢ꎬ苯甲酸代谢ꎬ转录应答ꎬ相关性分析 中图分类号:Ｑ９３５　 　 文章编号:０００１￣６２０９(２０１５)０７￣０８５１￣１２ 　 　 多氯联苯(ＰＣＢｓ)的生物降解一直是关注的热 面地对整个代谢网络应答作出分析ꎬ而转录组研究 点ꎬ绝大多数好氧微生物以共代谢过程通过联苯降 能够突破常规方法的局限性ꎬ从整体水平研究基因 [１] 解通路代谢ＰＣＢｓ ꎮ 联苯/ ＰＣＢ生物降解的代谢动 功能和基因结构ꎬ从而推及整个代谢网络ꎬ不仅能够 力学和代谢机理已被人们熟知ꎬ但联苯/ ＰＣＢ 胁迫 揭示特定生物学过程的分子机理ꎬ还能直观监测整 下ꎬ微生物相关细胞生理调节反应和联苯通路可能 个细胞代谢特征ꎮ 存在的辅助机制信息却很少ꎮ 常规研究方法不能全 红球菌Ｒ０４ 能够利用联苯为唯一碳源生长并 基金项目:国家自然科学基金(３０８００３０)ꎻ山西省自然科学基金(２０１４０１１０３０￣３) 作者简介:杨秀清(１９７５ － )ꎬ男ꎬ山西代县人ꎬ副教授ꎬ主要从事微生物生物转化与生物催化方面的研究工作ꎮ Ｔｅｌ/ Ｆａｘ: ＋８６￣３５１￣ ７０１０２１５ꎻＥ￣ｍａｉｌ:ｘｉｕｑｙａｎｇ＠ｓｘｕ.ｅｄｕ.ｃｎ 收稿日期:２０１４￣１１￣０３ꎻ修回日期:２０１４￣１１￣２８ ８５２ Ｘｉｕｑｉｎｇ Ｙａｎｇ ｅｔ ａｌ. /ＡｃｔａＭｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｉｃａ Ｓｉｎｉｃａ(２０１５)５５(７) [２] 能通过共代谢降解 ＰＣＢｓ ꎬ在联苯上游代谢途径 盐溶液:０１８ ｇ Ｎａ ￣Ｃｉｔｒａｔｅ２Ｈ Ｏꎬ００３４ ｇ ＦｅＳＯ