基于Java框架的处理以显示短回波时间磁共振光谱信号.docVIP

基于Java框架处理和显示短回波时间磁共振光谱信号 B. De Neuter, J. Luts?, L. Vanhamme, P. Lemmerling, S. Van Huffel Katholieke Universiteit Leuven, Department Electrical Engineering, ESAT-SCD 文章信息： 文章历史： 收到2004年12月2日 收到修改稿 2006年3月21日 2006年9月1日接受 关键词：Java，应用框架，核磁共振光谱（MRS），量化 摘要: 磁共振波谱分析可以被用来确定在一个非侵入性的方式的特定化学物质的浓度，也被称为代谢产物。MRS信号的频谱包含了对应于该代谢产物的波峰值。短回波时间信号的特点是大量重叠的代谢物的波峰和需要复杂的处理方法。以一个准确、快捷的方式处理这些信号，在临床环境中的的工具中是非常有用且必要的。因此，我们开发了新型的可综合的加工方法并且设计了一个可自由查看和开源框架。该框架具有一组抽象类，称为热点，它的目标是提供一个通用结构，并确定该程序的控制流。它提供构建块或组件，以帮助开发人员通过一个插件系统整合其在框架方法。该框架的设计通过统一建模语言（UML）和Java来实现。 当开发人员实现了该框架，他得到了简单和用户友好的图形用户界面（GUI）的用来处理MRS数据的应用程序。本文详细介绍了框架和我们在它的加工方法相结合的结构和实现。 绪论 某些化学物质的浓度可以在非侵入性的方式下通过使用磁共振光谱来确定(MRS)。这些化学物质也被成为代谢产物。一种代谢产物对应于频谱MRS信号的一个或者多个峰值。一个峰或一组峰的面积是与相应代谢物的浓度有关系的。通过量化峰下的面积可以估计与其相关的代谢物的浓度的值。短回波时间MRS信号包含代谢物的信息比长回波时间MRS信号更多。短回波时间MRS信号的缺点是较低的信号噪声比（SNR ） ，存在严重重叠的峰和广阔的基线。这三个因素大大增加了准确定量的难度。先验知识被广泛用来解决这些问题。LCModel [2,3 ]和磁共振用户界面（ MRUI ） [ 4,5 ]是两个量化短回波时间MRS数据广泛使用的软件包。MRUI包含的时域方法Amares的（准确，严谨，高效的频谱拟合先进的方法） [ 6 ]和QUEST （基于量子估计定量） [ 7 ]。Amares方法属于类交互时域法，并通过最小化代价函数拟合参数化模型函数将数据。LCModel使用一个在频域工作的方法。LCModel和QUEST方法都适合的信号与调整的光谱的总和从一组来体外测量或模拟的代谢物。 这需要时间来开发软件工具和设计一个图形用户界面（GUI）。如果代码的大部件可以以简单和直接的方式被重用，那将会很方便。为此框架[8,9]是整合各种方法在Java中创建。一个框架不存在唯一的定义。该定义可以参考文献中找到。[10]可能是最有参考之一：“一个框架是一组类，体现了一种抽象的设计解决方案，以一系列相关问题”。框架可以被看作是一种影响设计和代码软件体系结构。抽象类从视图的执行点提供了一组热点。在这种方式下，热点灵活应用于代码连接到框架的框架。热点的每个实例创建一个新的应用程序。所有包含在框架中的代码可以容易地被重复使用。 模块化设计是用来使框架更加灵活。中心在这个设计是插件系统。虽然这个插件系统是由Eclipse平台[11]的插件体系结构激励和影响的，Eclipse中的没有代码被用在这个插件系统中。在Java中，可以打包和分发代码的jar文件， JAR文件是用ZIP文件格式的存档的，它可用于数据压缩，存储和解压。另外，jar文件中有一些改进的功能，包括电子签名，版本控制和密封包装，这是可能的，因为一个jar文件都有一个包含封装在其文件信息的清单文件。一个插件的框架是一个存储在jar文件并放置在目录中的插件的软件，它可以在安装目录中找的到。每次该应用程序启动时，它会首先在此目录中搜索所有可用的插件，这样一来，很容易添加或删除插件。因为框架的直到运行时才知道哪些插件可用，所以它将使用清单文件来识别插件的功能并定位到它在框架的哪个类中。例如，插件dspGUI有一个条目InitGUI：dspGUI.Init在它的清单文件中。当这个清单文件的查找在运行时，框架会知道该类dspGUI.Init将初始化插件的图形用户界面。当有一个条目多个值，它们将被用分号隔开。因此，当指出到一个插件的条目时，插件中的清单文件的条目也就出来了。 第2部分讨论了框架背后的一般的设计和思路。第三部分将详细讨论框架的MRS部分的具体设计，以及第四部分通过创建用于加工短回波时间MRS数据的应用程序展示了框架的说明。 框架的一般设计和思路。 建议软件包的目标是提供一个图形用户界面做下一