转录调控网络基因表达与转录因子活性.PDFVIP

转录调控网络基因表达与转录因子 活性 专业：生物化学与分子生物学 学号：2017304110110 姓名：张昕冉 导师：周道绣 Background • 转录调控网络（TRN ）在生物体内能够调节数千个基因的表达，从而 在应对环境变化和遗传物质方面发挥重要作用。在所有生物体中大肠 杆菌的TRN可能是最需要广泛研究的。然而，这种TRN 的结构仍然具有 许多不确定性，严重限制了其用于预测基因表达或解释不同数据集的 作用。事实上，十多年前，大肠杆菌的代谢和调控网络模型的组合在 缺氧环境变化中只能解释基因差异性表达的15％。从那以后，虽然取 得了很大进展，但预测基因表达依然存在根本挑战。 • TRN可以由从数据源中确定的调节交互作用组成。这些包括直接和间 接的实验证据或计算预测。对于后者，减少假阳性相互作用仍然是挑 战性，而现有技术达到60 ％的精度。近年来，改进的染色质免疫沉淀 （Ch IP）方法已经能够精确表示转录因子（TF ）结合