高通量测序数据分析和临床诊断流程的解读.pdfVIP

中国循 2015 2 10 1 期 ·19 · 证儿科杂志 年 月第 卷第 · · 讲座 DOI :10． 3969 /j． issn． 1673-5501． 2015． 01． 003 高通量测序数据分析和临床诊断流程的解读 1 2 3 3 4 4 黎籽秀 刘 博 徐凌丽 杨 琳 王慧君 周文浩 ( 1)， 、 、 高通量测序技术也称二代测序技 据分析和临床诊断流程 图 包括测序数据预处理及变异检测 变异注释 ， ， ， 术 可以一次对几十至几百万条短序列 变异筛选和变异分类等 清晰地向临床医生展现了变异筛选过程的概况 使 。 、 ， 片段同时进行测定 该技术的出现使研 研究者聚焦到更具有生物学意义 临床相关的变异 并为国内开展基于基因 、 。 究者可以对一个物种的基因组 转录组 组二代测序技术的遗传性疾病诊断思考提供了基本路线图 复旦大学附属 87 WES ， 。 儿科医院转化医学中心应用该流程分析了 例多发畸形患儿的 数据 和表观遗传组进行全面的分析 基因组 ， 25% ， 、 得到的候选变异经由遗传专科医生进行分析 检出的阳性率为 与目前 二代测序可用于对全基因组 全外显子 组或感兴趣的特定区域进行序列测定。 认为WES 的检出阳性率一致。 ， 通常 基因组二代测序的目的是检测个 ， 体基因组范围内的遗传变异 包括单碱 (SNVs)、 (Indels)、 基变异 插入缺失变异 拷贝数变异(CNVs)和结构变异(SVs)， ［1］ 并最终筛选出致病突变 。 近 ， 因组二代测序开始逐步 年来 基 ［2 ～ 8］ 应用于临床分子诊断 ，不仅能帮助 ， 医生明确患者的遗传学病因 指导治疗 ， 及判断预后 更重要的是可为遗传咨询 。 提供明确的指导 根据患儿及其父母的 ， 遗传信息 可判断患儿致病成因是新生 ， 突变还是遗传于父母 以此评估父母生 ， 育下一胎时的疾病遗传风险 对家庭的 “ ” 。 优生 提供更好的指导 基因组二代测序技术与传统分子检 ， 测技术不同 可以同时对大量基因进行 ， 。 ， 检测 一次性获得海量的数据 因此 构 建一个基于遗传性疾病诊断需要的基因 1