转录组-上机指南.pdfVIP

目录 转录组上机指南 2 1 SOAPdenovo 使用说明2 2 Trinity 使用说明7 3 Blast 使用说明 9 4 Blast2GO 使用说明21 5 ESTscan 使用说明27 6 SOAP2.0 使用说明 33 7 SOAPsplice 使用说明38 8 TopHat 使用说明41 参考文献44 转录组上机指南 1 SOAPdenovo 使用说明 1.1 简介 SOAPdenovo 是利用一种新的组装短 read 的方法，它能为诸如人类基因组大 小(3G)的基因组 de novo 组装。这个程序是为组装 Illumina GA short reads 特 别设计的。它为构建全基因组参考序列序列和以低测序成本对未知基因组实施精 确分析创造了可能。 1.2 程序的下载及安装 下载地址：/soapdenovo.html 安装： 1、Download the SOAPdenovo tar package （下载SOAPdenovo 的 压缩包） 2、Unpack it （解压） 3、There are one executable file "soapdenovo" and one demo configure file "example.contig" （将得到可执行文件SOAPdenovo 和一个配 置文件的模板 example.contig） 1.3 使用程序及参数 SOAPdenovo 可以一步跑完，也可以分成四步单独跑，分别演示如下： 1） One command for the whole assembling procedures （一步跑完的程 序）: 2 ） Four command lines for four separate steps （四步单独跑的程序）: SOAPdenovo pregraph -s input.lib [-d KmerFreqCutoff -R -K kmer -p n_cpu]-o raphPrefix SOAPdenovo contig -g graphPrefix [-M mergeLevel -D EdgeCovCutoff -R] SOAPdenovo map -s input.lib -g graphPrefix [-p n_cpu] SOAPdenovo scaff -g graphPrefix -F [-L contig_min_len] [-G gapLenDiff -p n_cpu -u] 参数说明： option type annotation -s STR configuration file （配置文件） -o STR output graph file prefix （输出文件的文件名前缀） -g STR input graph file prefix （输入文件的文件名前缀） -K INT K-mer size [default 23] （可选参数；输入的 K-mer 值大小，默认值 23 ） -p INT multithreads, n threads [default 8] （可选参数；程序运行时设定的线程数，默认值 8 ） use reads to solve tiny repeats [default no] （可选参数；利用read 鉴别短的重复序列,默认值不进行此操 -R 作） remove low-frequency K-mers with single occurrence [default no] （可选参数;去除单次出现的低频的 k- -d mer，默认不去除） remove edges comprised by entirely single frequency K-mers [default no] （可选参数;去除仅由单次频率 -D