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Small RNA测序 Small RNA主要包括microRNA、siRNA（small interfering RNA）、piRNA（piwi-interacting RNA）三类。Small RNA测序是基于Illumina
HiSeq2500测序平台，研究特定组织在特定状态下的所有已知small RNA，也可发现物种或组织特异small RNA并预测其靶基因，为研究small RNA的功能及基因调
控机制提供了有力工具。
技术参数
Small RNA测序
样品要求 RNA样品总量: ≥3 μg； RNA样品浓度: ≥200 ng/μL
文库类型 Small RNA文库
测序策略 HiSeq SE50
数据量类型 一般深度：6~10 M clean reads； 高深度：15~20 M clean reads
参考序列比对 差异sRNA靶基因预测
靶基因预测 GO富集分析
分析内容
碱基偏好性分析 KEGG富集分析
差异表达分析
项目周期 45天
案例解析
［案例一］ 心脏结构特异转录组数据表明miRNA-mRNA之间存在
保守的相互作用
了心肌组织特异性富集的miR-1和心脏瓣膜组织特异性富集的miR-
125b-5p和miR-204。
图1 在不同组织中miRNA与其靶基因表达水平呈负相关
［案例二］ mRNA-seq和sRNA-seq关联分析鉴定拟南芥根中参
与硝酸盐反应新基因
mRNA-sRNA进行关联分析，研究鉴定出了40个在ATH1基因芯片未找
miRNA/TARGET模型。
图2 TCP23 sRNA分布
参考文献
[1] Vacchi-Suzzi C, Hahne F, Scheubel P, et al. Heart structure-specific transcriptomic atlas reveals conserved microRNA-mRNA interactions [J]. PloS one,
2013, 8(1): e52442.
[2] Vidal E A, Moyano T C, Krouk G, et al
BMC genomics, 2013, 14(1): 701.
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