freeroi在功能磁共振roi分析中的应用.pptxVIP

前言在应用ROI分析的研究中，ROI的确定方式主要有以下几种根据解剖图谱确定ROI 根据功能激活区确定ROI 以确定坐标点为中心生成规则ROIFreeROI使用方法打开一个terminal输入freeroi，键入回车，开启程序点击File - Open standard volume，打开一个结构像FreeROI使用方法在不同的图像显示形式间切换导入新volume；删除已载入的volume；新建空白volume；保存volume数据到文件；图像区：以不同的形式呈现图像FreeROI使用方法改变volume的排列顺序；设置激活值阈限；设置volume显示颜色；显示当前鼠标选择点坐标由脑结构图谱生成ROI由脑结构模板生成ROI载入HarvardOxford-cort-maxprob-thr25-2mm.nii.gz文件，显示颜色为rainbow。假设我们想针对特定脑区开展研究选中Harvard Oxford模板点击工具栏ROI toolset一项，弹出对话框根据需要选择脑区，提取ROIROI的功能一致性基于当前的研究结果，我们还没有准确的找到大脑功能区和结构脑区之间的对应关系。同时，结构脑区的划分程度相对较粗，一个结构脑区中可能同时包含多个功能脑区。以上问题要求我们，要想获得更加精细的功能脑区，就需要根据功能激活图，选取ROI。利用FSL选取FFA如何改进当前的工作流程通过手画ROI的操作，我们会发现过程中主要有两个问题画笔的大小不容易选取，很难准确的只把激活区画上；如果要画多个ROI，我们需要自己记住各个ROI的编号，画ROI时容易用错标记值。基于激活图手画ROILabel配置表使用FreeROI手画ROI点击New volume，新建一个空白的数据选中新生成的数据在工具栏上选择voxel edit在label config center中选择画笔的刷子大小在label config center选择要标记成的label使用FreeROI手画ROI我们画完，可能会发现画上的区域要比激活区大，很多未激活的区域也被划入了ROI。为了解决这个问题，我们加入了新的功能：将ROI与激活图取交集。选中我们画的ROI所在图像点击工具栏上intersection的图标，弹出对话框通过以上改进，手画ROI的工作流程得到了很大改善。为了进一步减少研究者的工作量，我们还开发出一套半自动化的ROI提取流程。半自动化提取fROI半自动化ROI提取流程分割激活图分割结果利用FreeROI提取ROI选择testdata，设置好激活值阈限（2.3），点击 watershed图标（水滴图标）。使用分水岭算法分割激活图使用ROI工具提取ROI在图像列表中，选中分割后的图像点击工具栏上的ROI toolset，弹出对话框在左侧边条中，label config center的下拉框中选择face一项，在下面的列表中，选中r_pFus。之后，我们将选择分割后的区域，并将其标记为r_pFus.使用ROI工具提取ROI修改ROI的值如果在标记时，发现选择了错误的label，可以通过ROI edit的功能对错误及时修正选中要修改的图像（R_FFA）在工具栏上选择ROI edit在label config center选择要标记成的label如要删除某个ROI，则选择 ‘0 Unknown’若要更改某个ROI的标记值，则选择要改成的label直接点击要修改的ROI，对其进行处理在实际研究中，除了直接将激活区作为ROI提取出来这种研究方式外，还可能会以激活的峰值点为中心做一个规则的（小球或立方体）ROI。优点：相对手画ROI方法更加客观生成规则ROI提取规则ROI将FFA的激活区从全脑激活图中提取出来从FFA的激活区中提取peak以FFA的peak为中心生成立方体这里，我们将前面提取的右侧FFA的peak点找到，并以它为中心，生成一个立方体的规则ROI。提取FFA激活区选中激活图（testdata），点击工具栏上intersection图标，弹出对话框。设置如上图，点击Run运行。生成的testdata_R_FFA中，只含有右侧FFA的激活区。提取FFA的peak点选中激活图testdata_R_FFA，点击工具栏local max图标，弹出对话框。设置如上图，点击Run运行。在生产的testdata_R_FFA_lmax数据中，只有FFA的peak点提取规则ROI选中testdata_R_FFA_lmax，点击工具栏Regualr ROI图标，弹出对话框。设置如上图，点击Run运行。生成的新数据中，是以右侧FFA的peak点为中心，以4个体素为边长的立方体。利用ROI进行数据分析facesceneobjectscrambledFace localizer利用ROI进行数据分析f