Restrictive endonuclease及其保护碱基.doc

引物设计保护碱基表 克隆PCR产物的方法之一，是在PCR产物两端设计一定的限制酶切位点，经酶切后克隆至用相同酶切的载体中。但实验证明，大多数限制酶对裸露的酶切位点不能切断。必须在酶切位点旁边加上一个至几个保护碱基，才能使所定的限制酶对其识别位点进行有效切断。 有研究者使用了15种限制酶，分别比较了各种限制酶在其酶切位点旁边分别加0、1、2、3个保护碱基后的切断情况。结果显示，基本上所有限制酶，在其酶切位点旁边加上3个以上的保护碱基后，可以对其酶切位点进行有效切断。一般来讲，在酶切位点前加入两个GC碱基，因为如果保护碱基为AT的话,保护碱基在PCR产物的末端,AT之间只有两个氢键,结合力差,容易在末端产生单链,这样的话限制性内切酶就无法作用。其实加保护碱基的多少，是具体情况具体讨论，比如HindIII、BamHI等就得有三个保护碱基。少了一个就无法切动。 ApaI ? （类型：Type II restriction enzyme? ）? 识别序列： 5GGGCC^C 3 BamHI（类型：Type II restriction enzyme? ）?? 识别序列：? 5 G^GATCC 3 BglII ? （类型：Type II restriction enzyme? ）? 识别序列： 5 A^GATCT 3 EcoRI?（类型：Type II restriction enzyme? ）? 识别序列： 5 G^AATTC 3 HindIII （类型：Type II restriction enzyme? ）? 识别序列： 5 A^AGCTT 3 KpnI ? （类型：Type II restriction enzyme? ）? 识别序列： 5 GGTAC^C 3 NcoI?? （类型：Type II restriction enzyme? ）? 识别序列： 5 C^CATGG 3 NdeI?? （类型：Type II restriction enzyme? ）? 识别序列： 5 CA^TATG 3 NheI?? （类型：Type II restriction enzyme? ）? 识别序列： 5 G^CTAGC 3 NotI?? （类型：Type II restriction enzyme? ）?? 识别序列： 5 GC^GGCCGC 3 SacI?? （类型：Type II restriction enzyme? ）? 识别序列： 5 GAGCT^C 3 SalI?? （类型：Type II restriction enzyme? ）? 识别序列： 5 G^TCGAC 3? SphI?? （类型：Type II restriction enzyme? ）? 识别序列： 5 GCATG^C 3 XbaI?? （类型：Type II restriction enzyme? ）? 识别序列： 5 T^CTAGA 3 XhoI ? （类型：Type II restriction enzyme? ）? 识别序列： 5 C^TCGAG 3?