进化树分析方法.doc

系统进化树分析方法： FYI: 1.首先要确定代表株:为啥选那些作为代表，一般是选择经典的，有文献参考的或者地域或年份等特定特征 2.找出整个树的root 3.由根溯源，你的研究株在树中处于什么地位，与哪些株进化距离最近 4.统筹分析整个树，你选择哪部分片段构建的树，为什么这样选择，作出这样的树能揭示怎样的进化规律 5. 有没有相关文献资料以及实验结论对你的分析结果作支撑 mega进化树有两个作用： ① 判断进化地位，你不要把图做成后边都是对齐的，根本看不出进化地位，越靠右越近代； ② 分支表示的是亲缘关系，离得越远亲缘关系越低，彼此靠近的二者基本可以认定为同种（如果blast出来后发现二者的同源性非常高的话），而它们之间的那个数值表示的是这个同源性的可靠程度多高。越高表示二者的亲缘关系（也就是同种）越可信。一般要＞95才能表示是同种，66以上可以表示亚种或者变种之类的。 你老师做的这个图根本就不标准，很多信息都没出来，没法分析，我上面说的两点是进化树中最重要的分析内容，你的图上全都没显示，如何分析？