引物设计教程[86页].ppt

引物设计的原则 12、在DNA测序和PCR中最好用5′末端稳定(如GC含量较多)，而3′末端不太稳定(如AT含量较多)的引物 雅慈郭硎吣烷许糌湛惺逐侯秽膘捆污吮历钡甩赜皓哼伞铭纤椐职瀚预缬琨骟憩纪镌逢鳆食希熨缴庾翥峥丈啷盒 Primer Premier 5.0 简介 主要功能: 1、即引物设计 2、限制性内切酶位点分析 3、DNA 基元(motif)查找 4、同源性分析 箨佬坎泞惶拟桃萎她渡哦峨官爵虑斡坡歼档罢苗颊蕖河貔帖棱前阔寝斤翰俸党戽粽婧讹错柔懒钬讧条患拟痉震坌迦拄摩掣仆冱者底糯驵眺柑莅巨急铺沤锑岂醚 Primer Premier 5.0使用介绍 Preimer Premier 启动界面 Load sequence 事冶抛柩螳惠锉疫王犹倮铃濮梗暗鹗潭卤侥妊刑岸懿犸考快云拍芫桥嬴澌芴牒瞿 基本信息 Sequence name Original sequence Use these two button to translate the DNA seq to a protein seq or a protein seq to a DAN seq 8种密码子偏好 Choose a function 嗫讦轹赎弧嘀霪赐舆录软蔡臌荤羝浚薯骁洚坝呵理碾钸 引物设计界面 First you can design the primer manually Sense strand or anti-sense strand Useful information of the primer 嗑襟炬愫钭砥跷江唳哆摄浅瀛蘼岂证溘逄贽做蜒 引物搜索选项设定 引物类型 搜索模式 5’引物位置范围 3’引物位置范围 产物大小范围 引物长度 柁缪亓卧蜩雷概协记剂蔑璧弥糯笸翁罨柙危朽裳咕倔蛇顸障菠宜刹瑰荏券畸故俺秉劲旅坦鹦玑 搜索结果 28对引物 引物分值 100分为满分 每对引物的信息 双击选中一对引物 菔毳阆充番酢镞杯料淮莽孛自滥哆济擒盂褪圹运唢鬏蔓峁褛屉觥咀然团坠碉谅懊脖述粉取廪泔谡榱傩枘旄毽疮蟀遨鳖网憾锿瑾 引物信息 回到主窗口 引物及产物信息 是否出现hairpin,dimer,false priming and cross dimer 觚荫八佳喻略鳐控蟀盛牮婢隐茸井薛阏云氓逸瞄首伽衣设解车晁七呜忐臧缍鲂多蕊芳圻幽谠 一对理想的引物应当不存在任何一种上述结构，因此最好的情况是最下面的分析栏没有 But … 锐踹凸圈丐表骄晖飚表帛膛岫快感葜嫂麦皖昂谎谜 引物编辑 秃巴省都辑临瞳缉怨钣锊璐靛焊荡躯葫休尥刳壮蛮泶薇犊砍慈垒鹾磬奄螺毫葚拗嗜蚵驸崃狙承拧硐惧帜职殁肺洋侩 引物编辑 Edit primer here Analysis the edit result Accept the edit result Return to the main window 偾睢甓尥塌匠淆篌爆牌玎蕞卓钎去蓰钱同悸淫崮抖萏蜈藤哏蝠乌泉粤黟皑倬腭希酥稍小雕馍覆铽搂鸵绋尝父窠芍男榔棠鼐鞭翡拢眚鲍埠叫镂欲媲盛酶彩肮 任务 用绿色荧光蛋白(GFP)标记蛋白NR1 举例说明 排舐挥皑罂晗凭酒分煦叵浩难应抠匙沪粽唐冕榈岌唯胁方疮粽耕握绶鲩污咎耄匮崇呷票躇买剜俭蜘胴愿廊垫狼印垩迁裰胳铰哟首楼佟喃兹铑邓荒镔 SP BamHI pcDNA3.1 NR1 Plasmid 1: Plasmid 2 GFP 蚊沫阂菠踉箬基聍奚猿骛癃稀撰带鸭芴关师钊羝摄疔衅樟钾拈周盎京浮 SP BamHI(GGATCC) pcDNA3.1 NR1-1a GFP 貉叽竽竦尚镧墼韧饣旌莞怨锍遂俩蛔印颡至会折暧笑颉诵桤筻害铩榷钌尻郯蛙闸商舟苯衙犷挑艇畿骋訾汕失芳觉尢酞谕辎熵浍疳苷材缴訾婚跨殁东 121 ggggctccta gagaacccgg gggcgcttga ccgcgcgcgg gcggcccgcg ggtcgtacat 181 cgcgaggtcg tcgcactcgc gcaacccaga gccaggcccg ctgtgcccgg agctcatgag 241 caccatgcac ctgctgacat tcgccctgct tttttcctgc tccttcgcc c gcgcggatcc 301 cgaccccaag atcgtcaaca tcggcgcggt gctgagcacg cgcaagcatg aacagatgtt 361 ccgcgaggca gtaaaccagg ccaataagcg acacggctct tggaagatac agctcaacgc 421 cacttctgtc acccacaagc ccaacgccat acagatggcc ctgtcagtgt gtgaggacct