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超算在生物医药领域的应用 卢 宇 彤 国家超级计算广州中心 主任 中山大学 数据科学与计算机学院 教授 博导 国防科学技术大学 计算机学院 教授 博导 yutong.lu@ 01 超算中心介绍 OUTLINE 主 要 内 容 02 目前应用概况 03 未来拓展方向 04 总结 国家超级计算广州中心 NATIONAL SUPERCOMPUTER CENTER IN GUANGZHOU 2 1、超算中心介绍 ? 超级计算机对科学发现、技术创新、产业革命的重要作用 – 高性能计算：是科学研究的三大手段之一 – 大数据处理：正成为科学研究的第四范式 ? 世界各国争相角逐超级计算机系统的主导地位 3 1、超算中心介绍 ? 天河二号超级计算机系统 ? 国家863计划和核高基重大专项的 标志性成果，2013年6月研制成 功，位列世界超算Top500排行榜 第一位 ? 国家超级计算广州中心 ? 广东省、广州市、国防科技大学 、中山大学联合共建 ? 2014年4月对外试运行 ? 2015年8月20日，经广州市委常 委会审议通过，由中山大学负责 广州超算中心的运行管理 4 1、超算中心介绍 性能 54.9PFlops / 33.86PFlops 系统 16000结点, 1.4PB内存 机柜 125+8+13+24=170 (720m2) 能耗 17.8 MW (1902MFlops/W) 制冷 密闭水风冷 柜 8 x 机框 TH-Net APM (16 x cn) Phi #48000 IVB #32000 CPM 算主板 ION 服务处理 系统 服 务 结 点 登 录 结 点 ... 登 录 结 点 IO存 存 存 存 结 点 管 理 IO服 务 结 点 IO服 务 结 点 加速存储 自 主 cpu阵 列 飞 腾 计 算 结 点 飞 腾 计 算 结 点 ... 飞 腾 计 算 结 点 飞 腾 计 算 结 点 商 用 cpu计 算 阵 列 计 算 结 点 计 算 结 点 ... 计 算 结 点 计 算 结 点 IP存 存 存 存 IB存 存 存 存 商 用 cpu计 算 阵 列 IO增 强 计 算 结 点 ... 分 布 式 本 地 化 存 储 FT-1500 #4096 共共享享 存存储储 大规模混合层次式并行存储系统 12.4PB 1、超算中心介绍 ? 天河二号的创新 – 异构多态体系结构 – 自主定制互连网络 – 层次式加速存储架构 – 高效自治的软件栈 – 高密度高精度结构工艺 ? 世界超级计算机Top500排行榜 “六连冠” 2013.6~至今 ? 世界共轭梯度HPCG排行榜“四连冠” 2014.6~至今 6 1、超算中心介绍 目标与定位：具有中国特色的世界一流超算中心 大科学 大工程 新产业 科学研究平台 技术创新平台 交流合作平台 学科建设平台 人才培养平台 7 2、目前应用概况 1. 面向学术前沿基础研究 – 大科学重大创新成果 2. 面向国家重大发展战略 华南地区（天气尺度） – 大工程重大应用突破 3. 面向地方经济社会发展 – 产业转型升级新动力 8 2、目前应用概况 ?应用分类 – 高性能计算应用 – 云计算应用 – 大数据应用 ?总体情况 – 用户数量目前已超过1200家 – 支撑国家级课题超过400项 – 广东省／广州市课题超过80项 2、目前应用概况—超算与生物医药 1. 组织器官的模拟 – 腹主动脉瘤 – 心脏瓣膜跟血液的相互作用 2. 药物研发 – 使用分子对接技术发现HIV-1 蛋白酶抑制剂 2、目前应用概况—超算与生物医药 3. 人类基因组相关研究 4. 人工智能医生 – 基因组装 – 病历、影像、文献分析 – 全基因组重测序及相关 – 协助医生提供个性化的 应用 癌症治疗方案 – 广泛应用于癌症治疗、 产前检查等 2、目前应用概况—超算与生物医药 ?主要应用 – 药物研发 – 健康医疗 – 生物信息学 – 生物分子动力学模拟 ?总体情况 – 生物医药领域用户数量目前已超过160家 – 主要集中在药物研发、健康医疗、生物信息学，以及生物分子动 力学相关的模拟上，分别占比16%、27%、26%和14%，其他还 有一些跟微生物、生物与环境相互影响等研究 2、典型应用：药物研发 ?基于受体的药物虚拟筛选 – 使用分子对接技术，针对与埃博 拉病毒蛋白VP35的对接 – 160万CPU和MIC核协同计算 – 一天完成4000万分子化合物的抗 埃博拉病毒药物筛选 – 国际上目前最快的已知化合物筛 选 – 为应对爆发性恶性传染病的应急 药物快速研发提供了强大的计算 模拟保障 13 2、典型应用：药物研发 ?基于配体的药物虚拟筛选 – 中大药学院研发的药物设计平台 – 提供化学结构数据库查询管理 – 基于配体的药物