图顶点着色问题的DNA计算模型(.docVIP

图顶点着色问题的DNA计算模型? ? 本课题得到国家自然科学基金30970969)，国家“八六三”高科技研究发展计划项目基金(2009AA012413)、中国教育部博士点基金(20070001020)和中国博士后科学基金(20080440257)资助。 强小利1, 2，赵东明1, 2，李菲1, 2 1北京大学信息科学技术学院， 北京，100871 2北京大学高可信软件技术教育部重点实验室， 北京，100871 摘要：DNA计算是以DNA分子作为数据的一种新型计算模式。为了减少DNA计算中编码的数量，不降低生化实验操作的可靠性，本文建立了一种基于酶切技术和PCR技术的图顶点着色DNA计算模型，给出了实现该模型的双编码的编码方案。分析表明，利用酶切技术和PCR技术能够有效删除非解并读取真解。该模型的解的检测方法类似于DNA测序技术，使得该模型更容易实现自动化操作。 关键词：DNA计算，图顶点着色问题，编码 A DNA Computing Model for Graph Vertex Coloring Problem QIANG Xiao-Li1, 2, ZHAO Dong-Ming1, 2, LI Fei1, 2 School of Electronics Engineering and Computer Science, Peking University, Beijing, 100871 2. Key Laboratory of High Confidence Software Technologies of Ministry of Education, Peking University, Beijing, 100871 Abstract: DNA computing is a novel computation paradigm with DNA molecules as “data”, and biochemistry trials as “information processing instruments”. In this paper, a DNA computing model to solve graph vertex 3-coloring problem was proposed based on enzyme digestion reactions. The graph vertex coloring problem is encoded by double encoding method and the false solutions deletion and the true solutions detection are updated and automized partly after enzyme digestion reactions and polymerase chain reaction. This method could be easier and faster to read out the solution. Especially, the procedure of solution detection similar to DNA sequencing technology. Keywords: DNA computing；graph vertex coloring problem；encoding 引言 1994年，Adleman[1]开拓性地给出了应用DNA计算方法给出求一个给定有向图的有向Hamilton路问题的算法，他给出了DNA计算的具体算法步骤，每个算法步骤都对应着特定的生物操作。这一成果表明了采用DNA进行特定目的计算是可行的。之后，十多年的研究表明，DNA计算无论在理论上，还是在实验技术上都取得了很大的进展。1995年，Lipton[2]将此思想进行推广，并解决了SAT问题（satisfiability problem）。1997年，Ouyang等人[3]利用POA（parallel overlap assemble）技术合成DNA分子来设计DNA计算中的所需要的数据库，提出求一个图的最大团问题的DNA算法模型，并利用图中的团在其图的补图中对应的是空图这一简单的结论对6个顶点的图进行了实验仿真。2000 年对Sakamoto等人[4]巧妙地采用发夹形式的DNA分子计算方法解决了6变量10子句的CNF-SAT问题，这使得DNA计算向自动的方向迈进了一步。Benenson等[21]实现了由DNA分子和酶组成的可编程半自动化试管中运算的具有状态转移功能的分子有限状态自动机，是DNA计算中的一个突破性的进展，