第二代高通量测序地三大巨头比拼.pdf

实用标准文案 第二代高通量测序的三大巨头比拼（之一） 第二代高通量测序准确率， 延长度都明显优于第一代高通量测序， 更重要的是， 价格比第一 代大幅度降低，使得高通量测序的产业化成为现实。第二代高通量测序仪的三大代表是 Illumina 公司的 Solexa 基因组分析仪 (Illumina Genome Analyzer) ，罗氏公司 (Roche) 的 454 测序仪 (Roch GS FLX sequencer) 和 ABI 的 SOLiD 测序仪 (ABI SOLiD se-quencer) 。 摘要： 第二代高通量测序准确率，延长度都明显优于第一代高通量测序，更重要的是，价格比第一 代大幅度降低，使得高通量测序的产业化成为现实。 一、 Illumina 公司的 Solexa 基因组分析仪 Illumina 公司的新一代测序仪 Genome Analyzer 最早由 Solexa 公司研发，利用其专 利核心技术“ DNA 簇”和“可逆性末端终结（ reversible terminator ）”，实现自动化样本 制备及基因组数百万个碱基大规模平行测序。 Genome Analyzer 作为新一代测序技术平台， 具有高准确性， 高通量， 高灵敏度， 和低运行成本等突出优势，可以同时完成传统基因组学 研究 （测序和注释） 以及功能基因组学 （基因表达及调控， 基因功能， 蛋白 / 核酸相互作用） 研究。 精彩文档 实用标准文案 1 、Genome Analyzer 技术的基本原理： Solexa 方法是利用单分子阵列测试 genotyping ，此种测序法首先将 DNA 从细胞中 提取，然后将其打断到约 100 －200bp 大小，再将接头连接到片段上，经 PCR 扩增后制 成 Library 。随后在含有接头的芯片 （flow cell ）上将已加入接头的 DNA 片段绑定在 flow cell 上，经反应，将不同片段扩增。在下一步反应中，四种荧光标记的染料应用边合成边测 序的原理， 在每个循环过程里， 荧光标记的核苷和聚合酶被加入到单分子阵列中。 互补的核 苷和核苷酸片断的第一个碱基配对， 通过酶加入到引物上。 多余的核苷被移走。 这样每个单 链 DNA 分子通过互补碱基的配对被延伸，利用生物发光蛋白，比如萤火虫的荧光素酶，可 通过碱基加到引物后端时所释放出的焦磷酸盐来提供检测信号。 针对每种碱基的特定波长的 激光激发结合上的核苷的标记， 这个标记会释放出荧光。 荧光信号被 CCD 采集， CCD 快速 扫描整个阵列检测特定的结合到每个片断上的碱基。 通过上述的结合， 检测可以重复几十个 循环，这样就有可能决定核苷酸片断中的几十个碱基。 Solexa 的这种方法， 可在一个反应中同时加入 4 种核苷的标签， 采用边合成边测序 （SBS －sequencing by synthesis ），可减少因二级结构造成的一段区域的缺失。并具有所需样 品量少，高通量，高精确性，拥有简单易操作的自动化平台和功能强大等特点，此反应可以 同时检测上亿个核苷酸片断 , 因此在同一个芯片或几个芯片上花费很少（只需常规方法的 1 ％）的成本就可测试全基因组。 2 、Solexa 高通量测序技术特点： 1 ）可扩展的超高通量 ：Genome Analyzer 系统目前每次运行后可获得超过 20GB 的高品 质过滤数据。 这个技术的可扩展性保证了更高的数据密度和输出， 能用更少的经费完成更复 杂的项目。到今年底，通量还有望上升到 95 GB ，相当于人类基因组的 30 倍