关于lammps学习的一点汇总讲解.ppt

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compute Syntax: compute ID group-ID style args Lammps 有两种类型的 compute 命令 计算 global value compute 4 all pe 计算 per-atom values compute 3 boundary pe/atom 数据文件输出 全局热力学数据的输出 log.lammps thermo_style thermo_style custom step temp press pxx pe etotal vol lx enthalpy c_3 c_3[2] f_3[1] v_3 原 子轨迹文件的输出 dump dump 1 all custom 100 all.lammpstrj id type x y z xs ys zs c_3 c_2 f_2 断点数据的输出 write_restart write_restart 10ns.restart read_restart 10ns.restart fix ave/time 时间平均 fix 1 all ave/time 100 5 1000 c_3[1] c_3[2] c_2[3] file result.txt 数据处理的相关命令 fix ave/spatial 空间平均 fix 1 all ave/spatial 100 5 1000 z 0.0 2.0 density/number units box ave one file al.txt compute reduce 矢量转化为标量 compute 1 all property/atoms vx fx compute 2 all reduce sum c_1[1] c_1[2] compute 3 all reduce ave c_1[1] c_1[2] 这样就可以直接在 thermo_style 中输出 c_3[1] 和 c_3[2] 或者用 fix ave/time 输出 LAMMPS 、 VMD 软件的学习汇报 一、分子动力学的简要介绍 二、 Lammps 软件的基本介绍 三、 Lammps 模拟的相关命令 四、 VMD 可视化处理软件的基础使用 汇报内容 一、分子动力学模拟 第一原理计算 :解薛定谔方程的过程 电子结构方法: 方程中包含了所有的原子核及电子的哈密度量和波函数 密度泛函理论: 用电子密度代替电子坐标,减少自由的计算 ) ( ) r ( r E H ? ? ? )) ( ( )) ( ( r E r H ? ? ? ? ? 计算物理可分为两大类:计算求解和计算机模拟 利用 ,先由各个原子的位置计算系统的势能, 得到各个原子所受的力及加速度,然后计算各原子在经过△ T 之后 的位置及速度;由新的位置计算系统的势能,得到各原子的受力及 加速度。反复循环,就可以得到系统中原子的运动轨迹并输出相关 的热力学数据。 分子动力学模拟 ? : 解牛顿运动方程的过程 i i i m t F t ) ( ) ( a ? 优势 : 把整个原子作为一个质点进行模拟,减少了自由度的计算, 加大了可计算的体系的空间和时间尺度,简化数据处理和 分析。 二、 Lammps 软件的基本介绍 Lammps ? Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator 大规模原子 / 分子并行模拟器 简单的来说, Lammps 就是一个可根植于 Windows 和 Linux 系统 的经典分子动力学代码;根据不同的边界条件和初始条件对相互 作用的分子,原子,宏观粒子集合进行牛顿运动方程积分,并输 出相关的热力学数据。

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