细粒棘球蚴中国大陆株谷胱甘肽s-转移酶结构与功能的生物信息学分析.pdfVIP

DOC格式论文，方便您的复制修改删减 细粒棘球蚴中国大陆株谷胱甘肽s-转移 酶结构与功能的生物信息学分析 （作者:___________单位: ___________邮编: ___________） 作者：棘怀庆， 孙俊锋，雄英， 李宗吉， 王娅娜，赵 巍 【摘要】目的 应用生物信息学分析软件预测细粒棘球蚴中国大陆 株谷胱甘肽 s-转移酶(EgGST)氨基酸序列的结构与功能。方法 应用 DNAStar、NCBI/BLAST、Biosun、SWISS-MODEL 等生物信息学 软件分析EgGST 的基因序列，推算出其编码的氨基酸序列与其他物 种的同源序列，进行多序列同源比对，构建分子进化树；预测二级结 构、拓扑结构；同源模建预测三级结构；预测主要抗原表位等。结果 经RT-PC 扩增得到的660bpEgGSTDNA 片段，经DNAman 分析 软件同源性比较发现，与GenBank 中检索的EgGST 基因序列同源 性为99% ；EgGST 与不同生物间的同源性平均达45% ；该基因编码 的蛋白分子量为25492.53Da ，有219 个氨基酸，等电点为7.532 ， 有31 个酸性氨基酸，32 个碱性氨基酸，52 个极性氨基酸和7 个非 极性氨基酸；有8 个抗原表位肽段15G-29 ，30E -39C ，40S-68 ， DOC格式论文，方便您的复制修改删减 69G-82Q ，83I-90M ，91D-120A ，121P -133Q ，134L-144N。结论 EgGST 可能是免疫诊断、药物作用及疫苗潜在的靶分子。 【关键词】细粒棘球蚴中国大陆株；谷胱甘肽 s-转移酶；生物信 息学 谷胱甘肽 s-转移酶(GST)是一种具有多种生理功能的酶，广泛存在 于各种生物体内需氧组织的细胞液中，在从细菌到哺乳动物的细胞内 解毒过程中均发挥重要作用。GST 在机体解毒系统及抗感染中发挥 重要作用，因此寄生蠕虫的GST 被认为是最具有吸引力的对蠕虫感 染有免疫预防和化学治疗的理想目标分子［1 ］。本文在本课题组已成 功构建出重组EgGST 的基础上，通过生物信息学方法预测该基因编 码蛋白的结构和功能特性，为研究其生物学功能及其在肝包虫的诊 断、药物及疫苗的进一步研究提供线索。 1 材料与方法 1.1 材料 细粒棘球蚴中国大陆株重组GST 由本实验室成功构建出，其他寄 生虫GST 氨基酸序列源自GenBank。 1.2 方法 通过 DNAStar 对重组基因序列进行分析、并推算出其编码的氨基 酸序列。 通过 NCBI 和 BLAST 在线软件与从 GenBank 中获取的与 EgGSTcDNA 序列同源性较高的其他动物GST 基因序列进行同源性 分析，构建分子进化树。 DOC格式论文，方便您的复制修改删减 通过蛋白质分析软件Biosun 和DNAStar 能够将被测肽链的二级结 构(secondary structure) 、亲水性参数(hydrophilicity)、抗原性参数 (antigenicity) 、可塑性参数(flexibility) 、表面可能性(Surface Probability)等5 种参数综合进行抗原表位的预测。 2 结果 2.1 谷胱甘肽s-转移酶基因开放阅读框基因序列 DNAman 软件对测序后的谷胱甘肽s-转移酶基因序列进行分析， 测序结果表明该基因开放阅读框为660bp ，基因序列如图1。 2.2 谷胱甘肽s-转移酶基因序列和氨基酸序列的同源性分析 2.2.1 谷胱甘肽s-转移酶基因的核苷酸序列的同源性比较 测序结果 表明该基因开放阅读框为660bp ，经DNAman 分析软件同源性比较 发现，与GenBank 中检索的EgGST 基因序列同源性为99%(图2)。 仅在第98 个碱基处由A 变为G ，第396 个碱基处由A 变为T ，相应 的氨基酸前者由酪氨酸变为半胱氨酸，后者编码的氨基酸未发生改变 均为丙氨酸，二者氨基酸的同源性为 99% ，不同的碱基用阴影加黑 标出如图2。 2.2.2 推导氨基酸序列分析及同源性比较 将测序鉴定的 目的基因序列推