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目 录 1 本期专题：高性能计算在科学领域的应用 基础科学研究的创新平台 ????????????????????特邀编辑 王涛 02 高性能计算在基础科学中的应用——从上海超级计算中心科学计算应用谈起 ??王涛 03 科学计算应用程序探讨 ????????????????????莫则尧 裴文兵 08 一种典型的高性能计算：地球系统模拟 ??????????????????王斌 14 高性能计算在石油物探中的应用现状与前景 ???????????????赵改善 19 AMS海量数据处理与分析 ??????????????????罗军舟 宋爱波等 24 介观体系电子输运性质的第一性原理计算：从方法到应用 ????胡亦斌 宁展宇等 28 浅析量化计算中并行优化效率 ?????????????????????蒋原野 35 量子化学中的高性能计算 ??????????????????邵义汉 甘正汀等 38 综合评论 第34届TOP500超级计算机排行榜发布??????????????杜晓梅 吴静溪 42 高性能计算技术 大规模并行数据库内部安全管理研究与实现??????????倪颖杰 李芳 张军 47 高性能计算应用 基于CUDA的LBM方法研究 ???????????????????封卫兵 张武 50 高速列车空气动力制动的初步数值研究 ??????????????武频 王洋等 54 网格计算 大规模药物虚拟筛选网格实现 ?????????????????李祖华 刘了等 57 计算化学网格研究概述 ????????????????????张瑞生 杨裔等 61 工程计算应用软件系列介绍 工程计算开源软件OpenFOAM-1.6简介以及其在魔方上的编译和使用 ?????????????????????????????魏志刚 葛耀君等 70 要闻集锦 美国能源部探索科学云计算 ???????????????????????金溪 07 调度算法可显著减少数据中心能源消耗 ?????????????????陈继军 27 超级计算机将采用NVIDIA新一代GPU架构?????????????????肖梅 46 中国发布首台国产千万亿次超级计算机 ??????????????????王泽 53 首台基于闪存的超级计算机即将面世 ??????????????????吴声超 77 Tilera公司公布世界首款100核处理器 ???????????????????金溪 78 Kraken成为首台突破千万亿次级的学院计算机 ???????????????金溪 79 从Hot Chips大会看未来芯片趋势?????????????????????王泽 79 PAGE 10《高性能计算发展与应用》2009年第四期 总第二十九期 PAGE 10 《高性能计算发展与应用》 2009年第四期 总第二十九期 PAGE 11高性能计算在科学领域的应用 PAGE 11 高性能计算在科学领域的应用 基础科学研究的创新平台 本期刊物是高性能计算在基础科学研究中的应用专辑。实际上，高性能计算在基础科学研究中的应用所涵盖的范围非常广，它不仅包括了基础科学研究实例的计算应用，还包括了计算理论和算法的研究以及计算程序和工具的实现，一期刊物很难全面介绍高性能计算在各个基础科学研究领域中的应用。因而，本期刊物只能选择性介绍了高性能计算在地球环境、石油地质、高能物理、天文物理、固体物理、纳米材料、计算化学、计算生物学等几个主要领域内的应用。这些应用包括了基础科学的应用实例、计算理论和计算算法的实现、计算程序和计算工具的介绍等等。 理论、实验和计算是当今进行科研创新的三大主要手段，高性能计算主要是通过模拟仿真的手段把目前技术上无法实现或成本高昂的实验或想法得以实现，从而加快人们对自然世界的认识和降低研究开发的成本。经过近三十年的发展，计算模拟技术已经在国防建设与国家安全、经济建设、重大工程和重大基础科学研究等多个方面取得了广泛而深入的应用，当前以超级计算为最主要研究途径的领域包括：国家和社会安全（如情报分析，信号和图像处理，武器系统集成模拟和测试）； 基础科学研究（气象气候，地球物理，空间物理，天文物理，高能物理，粒子物理，凝聚态物理， 加速器物理，生命科学，材料设计和模拟，系统科学，人工智能，医学等）；工程产品设计（航空，航天，舰船，能源，电子，电气等领域中的计算流体力学，有限元分析，电磁分析，多场耦合分析，系统性能分析等）；商业（金融数值模拟，商业数据挖掘，物流、排程系统规划和优化）； 社会学（传染病扩散，社会动力学，宏观经济学）等。大量的高性能计算应用和需求正在不断涌现。随着基础科学研究向着更大规模、更高复杂度、更加微观