转录组研究技术方法及当前.ppt

●转录组的研究技术方法及当前进展 郑忠巧 生物工程一班  什么是转录组? o广义转录组( Transcriptome)系指从一种细胞或者 组织的基因组所转录出来的RNA的总和,包括编码 蛋白质的mRNA和各种非编码RNA(rRNA,tRNA, SnoRNA, Snrna, microRNa和其他非编码RNA 等)。狭义转录组系指所有参与翻译蛋白质的 mRNA总和。  为什么研究转录组? o转录组是连接基因组遗传信息与生物功能的蛋白质 组的纽带,转录水平的调控是最重要也是目前研究 最广泛的生物体调控方式。转录组的研究比基因组 的研究能给出更高效的有用信息。比如,人类基因 组包含有30亿个碱基对,其中大约只有5万个基因转 录成mRNA分子,而转录后的mRNA仅部分被翻译 生成功能性的蛋白质。与基因组不同,转录组更有 时间空间性。比如,我们人体大部分细胞具有一模 样的基因,而即使同一细胞在不同的生长时期及 生长环境下,其基因表达情况也是不完全相同的。 所以,除了异常的mRNA降解现象(如转录衰减) 以外,转录组反映的是特定条件下活跃表达的基  研究转录组的基本方法 o目前研究转录组的方法主要有:(1)基于杂交技术 如cDNA芯片和寡聚核苷酸芯片;(2)基于测序技 术,如早先给予 Sanger测序的SAGE( Serial Analysis of Gene Expression)/MPSS(Massively Parallel Signature Sequencing),全长cNA文库和 EST文库的测序分析现在对cDNA、EST等的测序 工作已升级为代测序技术,第一代测序技术较 Sanger测序技术通量更高,运行吋间更短,测序片 段更长;(3)基于新一代高通量测序技术的转录组 测序,现在通常将基于第二代测序技术的转录组测 序分析称为RNA-Seq。  转录组的各个研究方法的特点 (1)基于杂交技术的特点 o基于杂交技术的DNA芯片技术只适用于检测已知序 列,却无法捕获新的mRNA。细胞中mRNA的表达 丰度不尽相同,通常细胞中约有不到100种的高丰度 mRNA,其总量占总mRNA一半左右,另 mRNA由种类繁多的低丰度mRNA组成。因此由于 杂交技术灵敏度有限,对于低丰度的mRNA,微阵 列技术难以检测,也无法捕到目的基因mRN^表 达水平的微小变化