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2020-07-29 发布于江苏
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GEO数据下载分析实战演练.pdf

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GEO数据下载分析实战演练金弗康生物科技（上海）有限公司聂尚飞资深系统应用专家使用GEO的目的 • 不用实验，数据二次分析，发文章关键点：找与原文不同的研究方向，模型 • 自己实验的横向拓展，增加文章档次样品拓展结果验证发表简单的组学文章 • OmicsBean感病作用机制文章 1.差异数据总表 3. 显著变化的信号通路 t 4. 最显著变化的信号通路图 5. 变化的信号通路与周边其他信号通路的调控网络 2. 差异数据功能总图目录 • GEO数据库简介 • GEO数据下载及转换 • 数据一般分析流程及格式简介 • GEO数据实战演练 GEO数据库简介（1） • 目前最大的开源在线生物基因相关数据集 • 由NCBI维护 • 支持表达谱芯片，转录组测序，外显子数据， Chip-Seq数据等 • 8万多套组学数据，210万个样品 • 提供原始数据下载 GEO数据库简介（2） GEO数据库简介（3） GEO数据库简介（4） GEO数据下载及转换（1）下载SOFT文件 GEO数据下载及转换（2）将含有基因名和相对表达量的几列拉出来建立一个矩阵文件 GEO数据下载及转换（3）分组文件矩阵文件数据一般分析流程及格式简介（1）芯片测序质谱代谢比较差异表数据一般分析流程及格式简介（2 ）分析流程差异数据 1. 单组差异数据（转录，蛋白，miRNA ） 2. 多组差异数据（转录，蛋白，miRNA ）筛选差功能分选择方构建模实验质控验证异