序列比对分析.pptVIP

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2020-08-03 发布于福建
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序列比对分析.ppt

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·序列比对的目的从核酸以及氨基酸的层次去分析序列的相同点和不同点,以推测他们的结构、功能以及进化上的联系通过判断两个序列之间的相似性来判定两者是否具有同源性 ·相似性:直接的数量关系,如:序列之间相似部分的百分比同源性:质的判断,两个基因在进化上是否曾有共同祖先的推断本地运行 BLAST 下载 (ftp: //ftp ncbi nIm. nih. gov/blast/executa bles/blast+/LATEST/) 安装(安装到C:) ·数据库的格式化( formatdb) 程序运行( blast11) tp, ncbi,nIm. nih. gov/blast /execut ablesblast+LATEST/853 回到上一层文件修改时间出12分3 pi nehs-bl ast*2.2. 28+-3 kre rpm -blast-2220+-3x06 ≥ b-1x-2.2.2+-i32-in2tg -blast-2.2. e+-sr 1260BR 15465Ba12÷30:000 222+-m 2012-23△:m: last-2.2. 2it-vin32 eN s4T212-33D:m0 9T4 Z12分30:D ncbi-blast-2.2. 20t-re -solaris ter 2645 20550 双击安装到C盘产生三个文件夹 □·bin含可执行程序(将数据库及需要比对操作的数据放入该文件); data daa文件夹含打分矩阵及演示例子的序列数据信息 doc doc文件夹含关于各子程序的说明文 H.ha.hcfl =将数据库文件db)及目标序 =列文件(m)保存在 Blast/bin 文件夹下本地数据库的构建查看db文件由 fasta格式的序列组成 00p GT点 NARMPEK e calcium-activated channel, subfamily M, alpha ALRMSSNTHANHLSLDASSSSSS5SSS55SS5SSYHEPKMDAL HNISPNLELEALFKRHFTQVEFYQG5 GEVTI DVKGPOYALKGSRVDIETPNLEG TLTGPRLGSPSGKTGTCRISMSEYDLNVAAPKVK