5.1序列比对病理生理学.pdf

药物设计学实验 1. 蛋白质序列比对 aa 蛋白质序列比对分析 实验目的 采用BLAST对给定序列进行序列联配 掌握操作过程 了解相关知识 蛋白质序列比对分析 实验原理 将目标序列同已知参考蛋白序列进行比较分析，不仅可以用来确定序 列保守区域，同时也为两个或更多序列的残基之间的相互关系提供了 一个非常明确的图谱，是生物信息学及分子生物学强有力的研究手段。 不同家族的蛋白质往往具有功能和结构上相同的一些区域，如果两个 序列具有足够的相似性，则认为两者具有同源性。它分为双序列联配 （pairwise sequence alignment ）和多重序列联配 （multiple sequence alignment） 蛋白质序列比对分析（DS版） 实验步骤 打开DS2016程序，点击左上角Files选项，打开序列文件P41131.fasta 蛋白质序列比对分析（DS版） 点击左上角Tools ，选择Search Sequences by Similarity下面的BLAST Search 选项点击，弹出对话框，点击Run并等待。 蛋白质序列比对分析（DS版） 右上角框内显示序列比对结果，点击如图红框内的Map View可以看到整个 序列比对结果的信息 蛋白质序列比对分析（DS版） 点击第一条序列，红框内会显示该结果的具体信息，包括Identity、positive、 gap等重要比对结果。右键点击后选择Load Aligned Regions显示比对结果。 蛋白质序列比对分析（DS版） 右下角框内显示具体比对信息，理解深色、浅色及“-”符号所表达的意义。 蛋白质序列比对分析 （网页版） 美国国立生物技术信息中心主页 / 蛋白质序列比对分析 （网页版） 使用软件（2）BLAST 打开blast计算网页，或直接登录/Blast.cgi 蛋白质序列比对分析 （网页版） 上传fasta文件或者直接用写字板打开fasta文件后拷贝序列至框内 选择目标数据库，点击最下方的Blast按钮开始进行序列比对 上传fasta文件或直接拷贝序列 选择数据库 蛋白质序列比对分析 （网页版） 序列联配结果显示后，点击序列，显示详细来源，点击alignment可以直 接跳到序列比对详细信息 点击alignment按钮，查看详细结果 蛋白质序列比对分析 （网页版） 最后得到如图所示的序列联配详细信息，包括pdb代码1g94 仔细查看序列联配结果，理解“+”，“-”等符号的含义 谢 谢