急性脑卒中患者肠道菌群特征.pdf

急性脑卒中患者肠道菌群特征及 TMAO 水平研究 高通量测序分析微生态方法及应用 我们的祖先就对生态问题感兴趣 • 我打猎的地方有多少种不同的动 物？（α- 多样性） • 都是一些什么种类的动物？ （分类，taxonomy） • 南山和北山有什么区别？（β- 多 样性） • 哪些我可以吃，哪些会吃掉我？ （相互作用，biomarker） 3 微生物生态问题（微生物组） • α- 多样性：样品中有多少不同的种属 /OTU (A, 各有6种颜色） • 例：炎症性肠炎患者肠道菌群多样性比正 常人群高还是低？ • β- 多样性：不同样品有哪些共有种 属？（A, 有两种共有颜色） • 例：不同地区/ 疾病的人群，有哪些肠道微 生物是共有的，哪些是独特的？ 4 定性 vs 定量评价 • 定性：仅考虑有无； α ：一个样品中有多少？（A, 各有6种颜色） β ：样品间共有多少？（A, 一样，拥有相同的 6种颜色） • 定量：考虑相对多度； α ：考虑平均度。（ 分布更平均，因此多样性 更高） β ：高多度种属共有更为重要（A, B 不一样，因 为不同颜色的多度不同） 5 5 一些具体的参数 • α- 多样性 • 一个特定区域或生态系统内的多样性，经常用物种丰富 度来度量（Shannon, PD, Chao, ACE, Coverage…） • β- 多样性 • 不同生态系统之间多样性的比较，是物种组成沿环境梯 度或者在群落间的变化率，用来表示生物种类对环境异 质性的反应(UniFrac, Jaccard, Sørensen's…) • 群落结构和特征种属 6 测序适合解答上述问题吗？ • 用16S rRNA等标签序列来区分不同的物种，进 而计算物种丰富度； • 用序列的频数来计算不同物种的相对丰富度，进 而得到均度。 rRNA标签 所有物种都存在； 具有不同进化速度区域，低可变区设