结构生物信息学...pptVIP

生物信息学( Bioinformatics) 数据驱动( data driven) 基础 现代生物学基本原理(中心法则、分子进化) 高通量数据采集手段 统计学 信息科学(数据库、机器学习、模式识别、知识发现、互 联网 ·问题: 生物信息学分析中涉及到了哪些数据? 生物信息学的基本策略 1、从相似性推断同源性 相似性( similarit!y) Similar: having characteristics in common Merriam-Webster Dictionary 同源性( homology) A similarity often attributable to common origin --Merriam-Webster Dictionary 同源兮进化上有共同的起源 哪些共同特征?(1) 分子生物学的中心法则 转录 翻译 DNA RNA 蛋白质 遗传信息:贮存在DNA的核苷酸序列中 进化中被复制以及发生变异的是 基因的核苷酸序列(以及相应的蛋白质序列) 因此,按照分子生物学的基本原理,我们应该根据核苷酸序列或者氨基酸序列上 的共同特征来判断序列的是否同源 最简单 序列一致性( sequence identity 哪些共同特征?(2) ·同源蛋白应该具有相对保守的功能 (催化同类化学反应、结合同类型的其他 分子等) ·蛋白质功能依赖于三维结构 按照上述原理,我们同样应该能够根据三维 结构上的共同特征来判断蛋白质分子是否 同源。 最简单:主链原子位置的均方根偏差(RMSD) 生物信息学的基本策略(2) 2、发现和利用不同特征间的关联关系 Guilty by association 例如 寺征 序列整体特 序列同源性 结构整体特征 序列局部特征(如 motif) 结构局部特征 功能模式 关联关系的发现:数据搜集、特征提取与数据建模、参数估计的 过程。知识发现。 关联关系的利用:数据检索、统计检验、实验验证的过程。知识 利用。 例:根据序列预测蛋白质在核内的定位 序列mot 蛋白在细胞核内定位 (核定位信号,NLS, nuclear localization signa) /predictnls/ 分子生物学的模型:转运蛋白识别NLS序列,复合物通过 核孔被主动转运到核内 CYTOPLASM NLCLEUS 数据搜集 实验数据分析 实验观察到的NLS有没有共同点? 这些共同点是否足以区分核蛋白和非核蛋白? 能否根据序列间的进化关系对实验数据进行扩展? Collecting initial set of NLs from literature e.g.http://www.ncbi.nim.nihgov/entrez/ Search pubmed for nuclear localization signal ,Among the listed records Nuclear localization signal-receptor affinity correlates with in vivo localization in s cerevis →“re| ated articles”→ 0=··户☆色台,回,回3 种划强“啦 m vEatd10 phoryanon depen krt re ai e of que nuck ar eod ndola tocaizati e semis 心o4AJ可4 wth the nsw receabirant p知 n PGE outlaw ao ouma mls prslEaatne cs 波过内,Lm5 口4:xDmn工.0nk?工C△ oecD LANs BMN? udutid eel Le adegetxeulh ou ntire lo M: C.R.argee 005 rm 口5:3ME以R1 nN anaya et AESCISTC AC DsENSITTVEB-ce geres iom Flys tomtrela patens 口2mL人从击M工 的a山mx红…?在(的m 36:N