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肿瘤蛋白质组学研究进展 BIOX.CN 2004-12-18 19:06:53 来源：首席医学网 　 【摘要】 随着人类基因组全序列草图的完成，从基因水平向蛋白质水平的深化，已成为生命科学研究的迫切需要和新的任务。蛋白质组学的建立为研究蛋白质水平的生命活动开辟了更为广阔的前景，提供了新型有效的研究手段。从蛋白质整体水平上研究肿瘤的发生与转移，寻找与肿瘤发生及转移相关的新的蛋白质、肿瘤特异性的标志物及肿瘤药物治疗的靶标，对肿瘤的诊治将起到重要作用。本文阐述的是关于蛋白质组学在肿瘤研究中的最新进展。 关键词 蛋白质组学 蛋白质组 肿瘤 转移 【文献标识码】 A 【文章编号】 1609-6614（2004）14-1279-03 1 概述 基因，尤其是基因组研究是20世纪生命科学研究一道亮丽的风景线。但是，随着人类基因组全序列草图的完成，基因组研究的战略重点不可避免的从结构基因组学（structural Genomics）转向功能基因组学（Functional Genomics），而蛋白质组学（proteomics）正是作为功能基因组研究的重要支柱在20世纪90年代中应运而生的 ［1，2］ 。 蛋白质组的概念最早是由澳大利亚Macquarie大学的Wilkins等于1994年在意大利的一次科学会议上提出的。在1997年出版的有关蛋白质组研究的首部专著里，作者再次重申了他们对蛋白质组的定义:“蛋白质组指的是一个基因组所表达的蛋白质”（“PROTEome indicates the Proteins expressed by a genOME”）;即“PROTEOME”是由蛋白质的“PROTE”和基因组的“OME”字母拼接而成 ［3］ 。这一概念具有整体性、动态性和系统性的特点。它指的是对应于一个基因组的全部蛋白质所构成的整体，而不局限于一个或几个蛋白。 生物功能的主要体现者是蛋白质，复杂的基因间和蛋白质间的相互作用、细胞内的活动和环境的影响都会影响基因的表达及蛋白质的翻译后加工。研究表明，从mRNA表达水平并不能够预测蛋白质表达水平。主要原因有 ［4］ :①基因表达与相应的蛋白表达存在时间上的差异。②基因表达的部位与相应蛋白执行功能的部位有所不同。③mRNA及蛋白质的稳定性有所不同。④mRNA在转录后可以生成不同的蛋白质。⑤蛋白质的修饰如磷酸化和糖基化对于蛋白质的活化及执行功能具有非常重要的影响。导致同一基因组在不同的细胞，不同的组织中的表达情况各不相同;即使是同一细胞，在不同的发育阶段、不同的生理条件甚至不同的环境影响下，其蛋白质的存在状态也不尽相同。蛋白质组作为一个在空间和时间上动态变化着的整体，各个蛋白质之间并非杂乱无章或者相互孤立，而是通过蛋白质与蛋白质之间的相互作用，密切有序的联系在一起，形成多个子系统，实现特定的生理功能。 蛋白质组学（proteomics） ［5］ ，就是从整体的角度分析细胞内动态变化的蛋白质组成成份、表达水平与修饰状态，了解蛋白质之间的相互作用与联系，从而揭示生物学行为（如:疾病过程和药物效应），以及基因表达调控机制的一个新的研究领域。 蛋白质组学的研究内容 ［6］ ，它可分为:①表达蛋白质组学（expression proteomics）:是在整体水平上研究生物体蛋白质表达的变化，是对细胞或组织中蛋白质表达量化谱的反映，即把细胞、组织中的蛋白质，建立蛋白定量表达图谱，或扫描EST图;该方法依赖双相凝胶电泳和图像分析技术，在整个蛋白质组水平上提供了研究细胞通路、疾病、药物相互作用和一些生物刺激引起的功能紊乱的可能性，对寻找疾病诊断标志、筛选药物靶点、毒理学研究等有重要作用。②细胞图谱蛋白质组学（cell map protemocis）:即确定蛋白质在亚细胞结构中的位置，通过纯化细胞器或用质谱仪鉴定蛋白复合物组成等，来研究蛋白质在细胞内的行为、运输及相互作用。通过它可建立起各种细胞类型和状态的“物理图谱”，对确定蛋白质功能和新的疾病诊疗的靶位极有价值。目前蛋白质组学的前沿研究大致分为三大方向 ［7］ : 1.1 针对有基因组或转录数据库的生物体或组织/细胞，建立其蛋白质组或亚蛋白质组（或蛋白质表达谱）及其蛋白质连锁群，即compositional proteomics研究;选择1～2种具有重要生物学意义或性状、且我国已经完成cDNA大规模测序的组织或细胞，制备其高分辨率的蛋白质组图并建立其蛋白质数据库，进而联合应用其cDNA大规模测序的数据，规模化的研究其蛋白质组成。 1.2 以重要生命过程或人类重大疾病为对象，进行重要病理/生理体系或过程的比较蛋白质组学的研究，即comparative proteomics研究;选取1～2类重大生命活动中几个相继的重要阶段，分别进行蛋白质