南开建模论文基因题.doc

2012年南开大学数学建模竞赛论文 A题： 分析 组长：付丽娜 队员：黄茉菊、朱保军 指导老师：刘彦 参赛单位：天津师范大学数学科学学院 摘要 本文根据给定的HIV病毒DNA序列，对具建立数学模型，分析具碱基的分布 及其相关性，并结合生物学背景，找到DM序列中重要的位点，从而为艾滋病的 研究提供帮助。 首先，利用选定的DNA片段，运用Mat lab软件编程对这些位点进行对比， 分析对应碱基位点的异同情况，我们从结论中可以看岀，这些DNA片段的位点Z 间存在某些相关性。 其次，结合上面的分析，运用Mat lab软件画图，若存在连续的点，那么这 些位点Z间就存在相关性，且连续点的个数是度量相关性的标准，即连续的点越 多，越相关。 最后，运用VC++取HIV1_ENV的DNA序列前900个，将这些基因翻译成300 个氨基酸，然后与HIV1_ENV_PRO中的蛋白序列进行对比，由此得到重耍的位点。 关键词:HIV基因，DNA序列，Mat lab,氨基酸 问题的重述 艾滋病在全球的广泛流行已给人类带来了严重的危害，且尚无有效的疫苗和 药?物进行预防和治疗，因此控制艾滋病的流行仍是全球齐国而临的重大公共卫生 问题，对艾滋病的根治也是医学界的重大难题。现有一些HIV序列，我们试图运 用数学建模的思想通过对IIIV序列的分析來断定这些序列上哪些位豊比较重要， 并解决下面的问题，从而给艾滋病的研究一些帮助。 1. 1对于HIV1_ENV和HIV GENOME中的DNA序列，构造数学方法对序的位 点进行分析，指岀这两者Z间的异同。 1. 2研究H1V序列位点Z间或者某些位点Z间是否存在相;若存在，请度量 这种相关性。 1.3找到H1V+较为重耍的位点，并说明原因。 二、符号说明 A:由1替代 C:由2替代 G:由3替代 T:由4替代 A：矩阵A B：矩阵B 三、模型假设 3. 1 DNA是双链的，在该模型中假设我们都是以DNA的同一边来进行 分析研究。 HJLV基因组翻译成蛋白的过程相对复杂，它会重复交叉使用某些 基因片段，在该模型中假设DNA是按照顺序来翻译的。 DNA序列有多个DNA片段，我们假设只选取其中前1000个DNA 片段来进行建模。 3.4在基因转录和翻译过程中，不发生基因变异和重组。 3. 5在解决第三个问题时，假设我们以HJLV GENOME屮的900个碱基, 即300个氨基酸为例。 问题的分析 问题一的分析,分别选取H1V1 ENV和HIV GENOME中的1000个DNA序列， 将碱基A、C、G、T分别由1、2、3、4代替，并将”删除。运用Mat lab软件 编程对这些位点进行对比，分析对应碱基位点的异同情况。原理是设IIIV1_ENV 的DNA序列为矩阵A, HIV_GENOME的DNA序列为矩阵B,其中矩阵A、B都为一 维行列式，在矩阵C里。将A、B对应位置相同的点赋值为5 （常理应赋值为1, 但因为1、2、3、4湖）,A、B对应位置不相同的点赋值为0,运用Mat lab软 件编程出对应位置相同的点下标，看连续的点越多，HIV1_ENV和HIV_GENOME的 DNA序列这两者Z间的异同就很明显。 问题二的分析，在问题一的条件下，取IIIV1_ENV和IIIV_GENOME的DNA序列 的前200个碱基。将A、B对应位置相同的点赋居为5, A、B对应位置不相同的 点赋值为0,运用Mat lab软件画图，连续的点越多，那么越相关，且连续点的 个数是度量相关性的标准，即连续的点越多，越相关。 问题三的分析，运用VC++来建模，取HIV1_ENV的DNA序列前900个，将这 基因翻译300个氨基酸，翻译后的300个氨基嗽与已知的前300个氨基酸对比， 设翻译后的300个氨基酸的矩阵为A,己知的前300个氨基酸为其屮矩阵A、 13都为一维行列式，在矩阵C里，将A、13对应位置相同的点赋值为5, A、13对 丿应位置不相同的点赋值为0,运用Matlab软件编程出对应位置相同的点下标， 连续的点越多，就是重耍的位点。我们可以将那些具有相同氨基酸对应的位点看 做比较重要的位点，并进一步深入的研究这些位点，从而达到模型的更优化。 五、建模前的准备 5. 1将碱基A、C、G、T分别由1、2、3、4代替 5.2将删除 5.3三个密码子决定一个氨基酸，起对应表为 TTT 二 F TTC=F TTA=L TTG=L TCT=S TCC=S TCA 二 S TCG=S TAT 二 Y TAC=Y TAA二end TAG二 end TGT=C TGC=C TGA=end TGG=W CTT=L CTC=L CTA=L CTG 二L CCT=P CCC=P CCA 二P CCG=P CAT=H CAC=H CAA=Q CAG=Q CGT=R CGC