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R语言入门 ——软件简介及实操 周煌凯 2015 报告内容 一R简介 二函数与对象 三编写脚本 四R绘图 五R统计 六数据保存 R简介 • R是一种编程语言 ，对编程不太熟悉的人可 能会望而却步。这种障碍其实是完全没有 必要 ， 1 ）R是一种解释型语言，也就意味着输入的 命令能够直接被执行。 2 ）R 语言有大量现成命令和软件包（可以加 载），无需进行复杂的编程也可以进行大 量生物学统计和绘图。 R语言的由来 • R语言是从S语言演变而来的。 • S语言是二十世纪70年代诞生于贝尔实验室，由Rick Becker, John Chambers, Allan Wilks开发。 • 基于S语言开发的商业软件Splus ，可以方便的编写函数、 建立模型，具有良好的扩展性，取得了巨大成功。 • 1995年由新西兰Auckland大学统计系的Robert Gentleman和Ross Ihaka ，编写了一种能执行S语言的软 件，并将该软件的源代码全部公开，这就是R软件 ，其命 令统称为R语言。 R软件简介 1. R是开源软件，代码全部公开，对所有人免费。 2. R可在多种操作系统下运行，如Windows、 MacOS、多种Linux和UNIX等。 3. R需要输入命令，可以编写函数和脚本进行批处理 运算，语法简单灵活。 4. 目前在R网站上约有2100个程序包，涵盖了基础统 计学、社会学、经济学、生态学、地理学、医学统计 学、生物信息学等诸多方面。 下载和安装R The Comprehensive R Archive Network 简称CRAN ，提供下载安装程序和相应软件包。 R主页 / Windows版本下载： 图1 R软件首页 / 菜单栏 快捷按钮 控制台 命令行 图2 R登陆界面(Windows版) 路径：开始所有程序 R R 3.xx.x 图3 R Gui 的菜单介绍 练习一：下载和安装R 下载并安装R软件（共享文件夹常用软件） 了解R 的菜单 R程序包 为什么要安装程序包？ 直接加载和使用前人已经设计好的软件包，来实现特定 的分析功能，而无需进行复杂的编程。 例如：绘制热图 使用 “pheatmap” 包。 PS ：程序包是什么？ R程序包是多个函数的集合，具有详细的说明和示例。 Window下的R程序包是已经编译好的zip包。 每个程序包包含R函数、数据、帮助文件、描述文件等。 常用R程序包 base- R 基础功能包 stats- R统计学包 nlme- 线性及非线性混合效应模型 ape- 系统发育与进化分析 seqinr- DNA序列分析 ggplot2 绘制各类图形 Pheatmap 热图绘制 WGCNA 权重共表达分析 … … /web/packages/available_packages_by_name.html 图4 CRAN 网站：提供R包下载 图5 ph