circrna qpcr引物设计的方法.docxVIP

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circRNA qPCR 引物设计的方法 1、通过 cirbase 数据库(/)获得 circRNA 的序列,如hsa_circ_0014629: 进入如下页面 点击 fasta,获取序列,如下:选择 spliced >hsa_circ_0014629|NM_001037533|GON4L CCTCCTCAGTTTGTGGATATCCACCTTGAAGAAGATGATTCCTCAGATGAAGAATACCAGCCGGATGATGAAGAAGAAGA TGAAACTGCTGAAGAGAGCTTATTGGAAAGTGATGTTGAAAGCACTGCTTCATCTCCACGTGGGGCAAAGAAATCCAGAT TGAGGCAGTCTTCTGAGATGACTGAAACAGATGAGGAGAGTGGCATATTATCAGAGGCTGAGAAAGTCACCACACCAGCC ATCAGGCACATCAGTGCTGAGGTAGTGCCCATGGGGCCCCCGCCCCCTCCAAAGCCGAAACAGACCAGAGATAGTACTTT CATGGAGAAGTTACATGCGGTAGATGAGGAGCTGGCTTCCAGTCCAGTCTGCATGGATTCTTTCCAGCCCATGGATGACA GTCTCATTGCATTTCGAACGCGTTCTAAGATGCCCCTGAAAGATGTTCCCCTGGGCCAATTAGAGGCAGAGCTCCAAGCT TTGATGGGAGCTATGCAGCTGATTGAAGACTTCAGCACACATGTCAGCATTGACTGCAGCCCTCATAAAACTGTCAAGAA GACTGCGAATGAATTTCCCTGTTTGCCAAAGCAAGTGGCTTGGATTCTGGCCACAAGCAAGGTTTTCATGTATCCAGAGT TACTTCCAGTGTGTTCCCTGAAGGCAAAGAATCCCCAGGATAAGATCGTCTTCACCAAGGCTGAGGACAA 2、取首尾各 150bp 进行拼接,末尾 150bp 作为拼接后的首序列,如下: GACTGCGAATGAATTTCCCTGTTTGCCAAAGCAAGTGGCTTGGATTCTGGCCACAAGCAAGGTTTTCA TGTATCCAGAGTTACTTCCAGTGTGTTCCCTGAAGGCAAAGAATCCCCAGGATAAGATCGTCTTCACC AAGGCTGAGGACAACCTCCTCAGTTTGTGGATATCCACCTTGAAGAAGATGATTCCTCAGATGAAGAA TACCAGCCGGATGATGAAGAAGAAGATGAAACTGCTGAAGAGAGCTTATTGGAAAGTGATGTTGAAAG CACTGCTTCATCTCCACGTGGGGCAAAG 3、将该部分 300bp 用 primer-blast 进行引物设计,具体参数如下: /tools/primer-blast/index.cgi?LINK_LOC=BlastHo me 4、选择引物对。注:PCR 产物包含 back-splicing 位点 Sequence (5'->3') Template strand Length Start Stop Tm Forward primer ATTCTGGCCACAAGCAAGGT Plus 20 44 63 60.18 Reverse primer CACAAACTGAGGAGGTTGTCCT Minus 22 165 144 60.16 Product length 122

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