Skyline处理已有定量试验数据[整理].pdf

Skyline 处理已有定量实验数据 本教程介绍了如何处理不是基于 Skyline 创建的离子对列表进行的选择反应监测实验（简称 SRM；亦称为多重反应监测，简称 MRM ）数据。本教程还介绍了如何使用 Skyline 处理加入了同 位素标记内标肽段的定量实验数据。 本教程将处理工具 MRMer 1 发表时采用的数据，还将处理由 Addona 及其合作者 2 开展的跨实 验室研究（以下简称 “study 7”）所获取的数据。 Study 7 是美国国家癌症研究所 (NCI) 支持的癌症临 床蛋白质组学技术评估 (CPTAC)的一部分。在 Study 7 计划中， CPTAC验证工作组优先采用 Skyline 作为实验室间大规模研究的工具。因此，研究计划累积的数据为 Skyline 提供了完善的测试，确保 Skyline 能支持验证工作组正在进行的实验类型。 即使缺少非 Skyline 创建的离子对列表，您仍然可以了解 Skyline 处理同位素标记肽段作为内标 的 LC-MRM 实验的数据的特点。特别是，如果您想以极高的可信度鉴定肽段的色谱峰，并匹配参 照肽段， Skyline 提供了良好的支持，能够帮助您实现这些目标。 入门指南 如要开始本教程，请下载下面的 ZIP文件： /tutorials/ExistingQuant.zip 将其中的文件解压到您的电脑上合适的文件夹中，如： C:\Users\brendanx\Documents 该操作将创建一个新文件夹： C:\Users\brendanx\Documents\ExistingQuant 现在启动 Skyline，将自动创建一个新的空白文档。 导入现有离子对列表之前，您应当尽可能多地向 Skyline 提供关于离子对列表设计和数据采集实验 方面的背景信息。要做到这一点，您可以在导入离子对列表之前，尝试调整文档的设定值。 准备接受离子对列表的文档 本教程开始时，首先要看看名为 MRMer 1 （其发音如英文单词的 “murmur”）的 MRM 分析软件工具 提供的数据集。在查看和积分整合 MRM 色谱图方面， MRMer 是 Skyline 的前身。 MRMer 发表时 采用的数据集产生于 2008 年，可以从其官方网页 (/CPL/MRMer.html) 下 载。在 MRMer 数据集中，所有肽段均源自于酵母菌，并且对应有国家标准与技术研究所 (NIST)谱 图库中的 MS/MS 谱图。这就意味着可以通过谱图库和背景蛋白质组，非常容易地向 Skyline 提供 实验中所监测肽段的相关信息。 “靶向方法编辑 ”教程详细介绍了创建谱图库和背景蛋白质组文件 的方法。在本教程中，您将使用已经准备好的文件，这些文件已经被压缩至完成本教程所需的最 小信息量，以便下载的 ZIP文件大小能控制在合理范围之内。 1 设置 MRMer 文档的谱图库请按以下步骤操作： 在 “设置 ”菜单上，单击 “肽段设置 ”。 单击 库“ ”标签。 单击 编辑列表“ ”按钮。 单击 编辑库“ ”表单中的 “添加 ”按钮。 在 “编辑库 ”表单的 “名称 ”字段内输入 “Yeast_mini。” 单击 浏览“ ”按钮。 导航至先前创建的 ExistingQuant 文件夹下的 MRMer 子文件夹。 选择仅包含本研究中使用的酵母肽谱图的 “Yeast_MRMer_mini.blib 文件。” 单击 打开