5-网络图绘制软件cytoscape使用介绍-美吉生物-讲义.pdfVIP

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2021-03-11 发布于北京
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网络图绘制软件cytoscape使用微生物事业部 meta@majorbio. 本节课准备工作：网络图绘制软件cytoscape使用 1、确保自己的电脑上已经安装了cytoscape软件，并且可以打开； 2、登陆isanger账号、运行云平台上的物种相关性网络，以备文件； 3、确保已用于绘图的表格文件；网络图绘制软件cytoscape使用 1 cytoscape软件背 2 cytoscape在微生态研究中的应用 3 界面与操作绘图 cytoscape软件背景软件用于可视化分子相互作用网络和生物途径，并将这些网络与注释，基因表达谱和其他状态数据相结合。 cytoscape软件背景软件 cytoscape软件背景软件 cytoscape软件背景软件 cytoscape软件背景软件加州大学亚哥分校加拿大多伦多大学 2003 加州大学旧金山分校系统生物学研究所 Cytoscape J A 安捷伦科技纪念斯隆-凯特琳中心开源巴斯德研究所至今，数达到8755次(Pubmed统计) Shannon P, Markiel A, Ozier O, et al. Cytoscape: A Software Environment for Integrated Models of Biomolecular Interaction Networks[J]. Genome Research, 2003, 13:(11):2498-2504. cytoscape软件背景基本概念节点(node)，代表相互作用的主体，可以是物种、基因、蛋等；边(edge)，指连接两个节点的线，代表了节点间相互作；度(degree)，指与此节点相互作的节点的个数，其大小与此节点的度(BetweennessCentrality)成正比，即依赖此节点的通路越多，它的核度越，在网络结构中越重要。 cytoscape在微生态研究中的应用 共现性网络图：节点：样品（分组）与物种（功能）连线：表示样品与物种（功能）之间的存在关系 物种在分组中独有与共有关系 相颜色代表不同分组，节点大小代表丰度多与少