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工具篇） S4E26 环状 RNA 常用数据库介绍总结 circBase 网址： /Thousands of circular RNAs (circRNAs) have recently been shown to be expressed in eukaryotic cells [Salzman et al. 2012, Jeck et al. 2013, Memczak et al. 2013, Salzman et al. 2013]. Here you can explore public circRNA datasets and download the custom python scripts needed to discover circRNAs in your own (ribominus) RNA-seq data. 数据库功能： Sequence-based searchSearch the database by identifier, gene description, genomic position, or their lists.Retrieve dataset slices by defining a set of conditions (table browser).Export tables in a variety of formats.Export FASTA files containing genomic sequence. 比如我们想查询 FoxO3 相关的环状 RNA ，可以直接在搜索框输入 FoxO3 ， 结果如下： 可以看到人的两条和小鼠中的三条 circRNA ，并可进一步点 开查看。 CircNet ： a database of circular RNAs derived from transcriptome sequencing data 网址： .tw/ 基于转录组测序的数据 建立的数据库，收录以下信息 novel circRNAs,integrated miRNA-target networks,expression profiles of circRNA isoforms,genomic annotations of circRNA isoforms (e.g. 282 948 exon positions), andsequences of circRNA isoforms. 比如我们想 查询 FoxO3 相关的环状 RNA ，可以直接在搜索框输入 FoxO3 ，结果如下： 如图所示，不仅显示了FoxO3 如图所示，不仅显示了 FoxO3 相关的环状 RNA circ-FOXO3.1 ，还显示了 microRNA ，右侧上面显示 circ-FOXO3.1 在染色体上的位置， 右侧下面可以根据位置对 circ-FOXO3.1 进行查询显示，右侧上面点击 Expression 表 达显示在不同组织中的表达水平： deepbase ：a platform for annotating and discovering small and long ncRNAs (microRNAs, siRNAs, piRNAs...) from next generation sequencing data. 网址： / 这个数据库的的功能： deepView Genome Browser: visualization mapmicroRNAs and other ncRNAs expression patternpredicted RNA clusterspredicted microRNAspredicted snoRNAsbrowse microRNAs and ncRNA-associated small RNAsnasView Browser: comparisons of multiple libraries for ncRNAsbrowse promoter-associated and exon-associated small RNAsbrowse repeat-associated small RNAslibView Browser: comparisons of multiple librariescommon search or Search homologous reads 包括的信息比较全， 功能强大， 除了 circRNA 外， lncRNA 等信息也有，既可以浏览，也可 以搜索。如果要搜索 circRNA ，可以直接打开网 址:htt p: ///dee pBase/browse_circRN A.php?SClade=mammalS