分子3D绘图教学PPT课件.pptx

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分子3D绘图;一、计算化学背景;Performance Development ;K computer 2011.6~2012.5;Rank;软件的发展→使用户勿需具备高深的理论知识,只要有一般的计算机应用能力,就可以很容易地完成许多计算化学的简单工作。;1.4 常用分子模拟软件;HyperChem Professional 8.010 / ChemBioOffice Ultra 14.0 Suit GAMESS ver. Aug 8, 2016 Free /GAMESS/ PC GAMESS/Firefly version 8.2.0 http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.html NWChem 6.6 Free ;GROMACS 5.1.4 Free /;ADF密度泛函,分子,溶剂,周期体系,相对论,图形用户界面 AIM2000 分子中的原子,图形用户界面 AMPAC 半经验方法,图形用户界面 ArgusLab 从头计算,半经验方法,分子力学,图形用户界面 CHARMM 分子力学,蒙特卡罗 CRYSTAL 从头计算,密度泛函,周期体系 DMol 密度泛函,分子,周期体系 Jaguar 从头计算,密度泛函,分子,溶剂 MOLPRO 从头计算,密度泛函 PCMODEL 半经验方法,分子力学,图形用户界面 PyMol 分子模型显示 Q-Chem 从头计算,密度泛函,分子,溶剂 Spartan 从头计算,密度泛函,半经验方法, 蒙特卡罗,分子力学,图形用户界面,分子,溶剂 VASP (VAMP) 密度泛函,分子动力学,赝势,平面波,材料 Discovery Studio QSAR,图形用户界面;数据类型(最常见、纯文本格式) ENT/PDB Brookhaven Protein Data Bank MOL Molecular Design, Ltd. [MDL] HIN Hyperchem GJF Gaussian MOL2 Tripos CIF Crystallographic Information file;HETATM 1 C UNK 1 1.209 0.698 0.000 HETATM 2 C UNK 1 1.209 -0.698 0.000 HETATM 3 C UNK 1 0.000 -1.397 0.000 HETATM 4 C UNK 1 -1.209 -0.698 0.000 HETATM 5 C UNK 1 -1.209 0.698 0.000 HETATM 6 C UNK 1 0.000 1.397 0.000 HETATM 7 H UNK 1 0.000 2.484 0.000 HETATM 8 H UNK 1 2.151 1.242 0.000 HETATM 9 H UNK 1 2.151 -1.242 0.000 HETATM 10 H UNK 1 0.000 -2.484 0.000 HETATM 11 H UNK 1 -2.151 -1.242 0.000 HETATM 12 H UNK 1 -2.151 1.242 0.000 CONECT 1 6 2 8 CONECT 2 1 3 9 CONECT 3 2 4 10 CONECT 4 3 5 11 CONECT 5 4 12 6 CONECT 6 1 7 5 CONECT 7 6 CONECT 8 1 CONECT 9 2 CONECT 10 3 CONECT 11 4 CONECT 12 5 END;BEN.GJF Gaussian;BEN.GJF Gaussian;C -0.25 -0.47 0.00 O -0.25 0.96 0.00 H 0.7

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