基因芯片在生物医药应用中的价值研讨.pptxVIP

基因芯片在生物医药应用中的新价值李奇研发部经理基因芯片与生物信息领域从业9年什么是基因芯片丢失的钥匙不一定在灯下为什么需要基因芯片解决的目标基因表达研究的目标…… 发现疾病形成的全局信号通路上调基因下调基因基因芯片扫描图8月促销，买3送1，买6送2，买9送3?????单价7300元，买的越多，送的越多“传统”表达谱芯片探针的设计3’ IVT ~60,000 probe sets11 probes/geneExon ~1,400,000 probe sets4 probes/exon, ~40 probes/gene (10 exons)Tiling ~46,000,000 probes1 probe/35 nt, ~1000 probes/gene (35 kb)3’5’Exon芯片，8月促销，买3送1，买6送2，买9送3?????单价7900元，买的越多，送的越多新一代表达谱芯片Genome-Wide Copy Number Analyses Identified Novel Cancer Genes in Hepatocellular CarcinomaHepatology 2011疾病形成的全局信号通路长链非编码RNA的全局信号网络基因表达谱芯片/miRNA芯片癌组织正常重症肝炎恶化进程中的特征基因BMC Genomics 2010, 11:240Hepatolgy 2011 筛选诊断标志物导致细胞体积增大的表达调控网络发现药物治疗的靶点 转录前调控 Affymetrix Promoter Array Affymetrix Tiling Array 转录后调控Affymetrix miRNA芯片基因表达调控芯片Affymetrix miRNA 2.0 ArraymiRNA与靶基因作用方式FeatureV1V2miRNA Version1115Organisms71131Mature miRNA Probe Sets6,70315,644Pre-miRNA Probe Sets-2,202snoRNA scaRNA Probe Sets922 2,334单价4700元全物种miRNA 2.0芯片microRNA芯片基因调控预测转录前基因表达调控模式35 bp resolution转录调控的检测——以ER转录因子为例杂交探针的设计策略——基因表达调控芯片全基因组拷贝数变异分析全基因组甲基化分析全基因组转录因子结合位点分析全基因组非编码RNA检测全基因组可变剪切分析基因组DNA全启动子Tiling 芯片Promoter芯片启动子区域10kb覆盖碱基之间Affymetrix 启动子芯片35 bp resolution全基因组转录因子结合基因筛选全基因甲基化检测6500元，检测全基因甲基化；6500元，检测转录因子调控； 使用MeDIP/MBD抗体甲基化 芯片检测低甲基化高甲基化甲基化芯片发现基因表达调控方式LOHDNA结构变异情况SNP突变对蛋白3级结构的变化Affymetrix SNP芯片特征拷贝数变异特征——以拷贝数扩增为例 SNP + 拷贝数变异芯片肿瘤组高频扩增区Hepatolgy 2011 发现疾病遗传特征 与基因表达无关 不知道目标基因序列目标基因明确，且检测数量较少 快速检测——当日获得检测结果何时不需要基因芯片 基因注释查询方法NCBI-Gene数据库——基因功能综合注释数据库 KEGG数据库——信号通路数据库 Gene Ontology数据库——基因功能分类数据库 dbSNP数据库——SNP数据库 UCSC基因组浏览器——基因、基因调控元件定位浏览器 基本统计术语 t-test——两类样本间差异基因分析 方差分析——单因素多类样本间差异基因分析 相关系数——样本间、基因间相似程度分析应用基因芯片的知识基础使用基因芯片的关键点——防止实验失败样本 样本采集须严格遵守低温原则快速原则清洁原则样本信息登记问题 纸质样本单填写潦草，样本管标潦草，两者无法对应—— 整个项目样本对应错乱，全部失败前后送样的样本管重复标记 未标记样本类型样本——采集问题 无样本重复 节约费用 仅筛选基因，不能发表论文结果随机性强，验证失败率高 两次样本重复——性价比最差 3～5次样本重复 普遍采用 组内样本一致性较好时最佳 5～10次样本重复——差异基因验证准确率较高 10次以上样本重复 组内样本一直性较好时，可用于筛选疾病诊断标志物样本——重复问题(表达谱/甲基化检测) 9个样本每3个混合为一组，每组检测一张芯片，共检测3张芯片——生物学重复 9个样本，每个样本检测一张芯片，共检测9张芯片——生物学重复 9个样本混合为一组，等量分为3份，分别检测一张芯片，共检测3张芯片——技术重复 9个样本混合为一组，检测一张芯片，共检测1张芯片样