农业类大学NGS-演讲.pptVIP

宏基因组测序 宏基因组测序-全基因组 通过高通量测序技术，对环境样品的总 DNA 直接进行全基因组的宏基因组测序，能够实现微生物群落的物种分类研究、群落结构、系统进化、功能注释以及物种间的代谢网络研究，挖掘具有应用价值的基因资源，开发新的微生物活性物质。与传统的 Sanger法相比，速度快，性价比高，周期短，单个样品的测序量可以接近饱和。 有哪些菌群 哪些是优势菌群 菌群发挥的功能及其之间关系 16S/18S rRNA宏基因组测序 16S/18S rRNA是微生物群落分析和细菌进化研究以及分类研究最常用的靶分子，采用新一代测序技术，对16S/18S rDNA的可变区进行测序分析，不需进行克隆筛选，能全面的反映微生物群体的物种组成，真实的物种分布及丰度信息。 16S/18S rRNA测序信息分析内容 物种分类、物种丰度分析 OTU（Operational?Taxonomic Units ）分析 多样性分析 系统进化分析 多样品间的比较分析 以family层次进行物种分类的相对丰度图 物种分类进化树 Unifrac分析的样本聚类树 转录组测序简介 转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，包括mRNA和非编码RNA(Non-coding?RNA)。? 第二代测序系统可精确检测单个碱基，并且不受到研究中先验信息的干扰，科研人员能够快速地获得某一物种特定器官或组织在某一状态下几乎所有mRNA转录本序列，从而能够开展：UTRs区域界定、可变剪切研究、低丰度新转录本发现、融合基因鉴定、cSNP（编码序列单核苷酸多态性）研究等。 小RNA测序 现已知小RNA可归纳成三类：微RNA (miRNA)，小干扰RNA(siRNA)和与piwi相互作用的RNA(piRNA)。 miRNA长度为21~24nt，产生于有典型茎环二级结构的原转录本(pri-miRNA)，在动植物的目标mRNA的降解与抑制方面发挥重要作用。siRNA，长度在19~25nt，产生于长双链RNA，同样在动植物的目标mRNA的降解与抑制方面发挥重要作用。piRNA，长度26~31nt，由与其相互作用的Piwi蛋白定义，目前研究表明其在配子形成的过程中起作用。 主要内容 高通量测序简介 高通量测序与传统技术比较 高通量测序平台的介绍 高通量测序的生物学应用介绍 高通量测序案例介绍 基因组测序案例 * 意义：第一个完全运用高通量测序技术模式完成的动物基因组从头测序； 方法和结果：不同插入片段测序文库双末端测序技术的尝试：包括150bp、 500 bp、2 kb、5 kb 和10 kb不同插入片段，测序深度达73倍，覆盖94%的基因组区域；获得2.7M SNP位点，证明大熊猫仍然具备很高的杂合率和较高的遗传多态性； Li et al., Nature (2009) 463：311-317 瑞士和美国科学家 对8个家鸡品系和1个野生品系进行测序 该研究可以用于动物育种及提高家鸡在生物医药研究模式动物中的应用 Rubin et al., Nature (2010) 464:doi:10.1038 通过全基因组重测序分析鸡驯养过程中的位点选择 筛选到两个基因GHR（以前验证）和SH3RF2在育种中具有功能 在400个F8群体中分析SH3RF2的缺失对鸡体重的影响 表明SH3RF2是筛选不同鸡品系的一个重要指标 通过全基因组重测序分析鸡驯养过程中的位点选择 分析SH3RF2基因 转录组测序案例 * 应用RNA-seq分析葡萄浆果发育过程中转录组 意大利维罗纳大学 Vitis vinifera（葡萄）浆果发育三个阶段中（开花后5周、10周和15周，即着果期、转色期和成熟期三种发育阶段中）的转录组研究 82%的测序序列能够比对到基因组上 第一次使用RNA-seq分析葡萄浆果发育过程中的基因转录差异 有参考序列 分析92,051剪切点，大约0.8%剪切点参与385个基因的可变剪切 与葡萄参考基因组（Pinot Noir 40024 ）比较，检测到85870个eSNP 鉴定了浆果发育过程中的17324个基因，其中的6695的基因是以时期特异性方式表达的 分析浆果发育过程中的marker基因，表明RNA-seq分析的准确性 microRNA案例 * 俄克拉荷马州立大学 ，生物化学与分子生物学系 对逆境条件干旱、高盐和正常条件下的水稻4周幼苗进行miRNA测序 三种处理分别得到102,876、54,016 和174,530 测序序列( 43003、80990和58781个miRNAs) * 检测到水稻中公布的miRNA为53个，鉴定了23种新的miRNA 6种新的miRNA为单子叶植物特有的miRNA 预测了