测序过程中出现“流氓基因”污染 .docxVIP

PAGE PAGE 1 测序过程中出现“流氓基因”污染 SupratimMukherjee在举行数据分析的时候，发觉数以百计的微生物基因组中会重复浮现同一种噬菌体序列，这令他感到很惊异。这位来自劳伦斯伯克利国家试验室的生物信息学家最开头是为了比对这些微生物的代谢途径，但后来他发觉了几乎无处不在的序列，“我以为我们发觉了一些新的东西，”他回忆道，“在这些不同的微生物中，这囫囵噬菌体基因组是完整地保留下来的。”但当Mukherjee一开头分析这个噬菌体序列时，他就知道这就是PhiX序列，一种Illumina公司测序试剂盒中用做标准品的噬菌体。PhiX原来是作为一种质控检测指标，用于追踪每个测序过程中浮现的错误率的，但在上百个案例中，Mukherjee发觉讨论人员都没有从其公布的基因组序列中剔除PhiX的序列。并不是惟独Mukherjee一人发觉此种状况，最近大量的报告表白，发表的基因组浮现污染要不之前想象的多得多。那么这些污染是如何浮现的呢？我们有能做些什么，避开这些状况的浮现呢？就此TheScientist杂志请教了几位讨论人员，他们共享了他们的一些Tips，可以检测和预防浮现“流氓序列”。广泛的基因污染在Mukherjee讨论组意识到PhiX污染可能会浮现了多个公布的微生物基因组中之后，这一讨论组觉得量化其浮现频率。通过分析调查，Mukherjee等人发觉在已出版的1.8万个细菌和古细菌基因组（IntegratedMicrobialGenomesdatabase）中，超过1000个序列被PhiX序列污染。今年Mukherjee等人已经将这一发觉公布在StandardsinGenomicSciences上。而这些其中的10%也浮现在了同行评审的期刊杂志中。PhiX污染还只是冰山一角——现在问题呈指数级增长，NCBI总监DavidLipman说，他也正在筛选过去五年间，呈递到GenBank中的数据。“我们检测到2012年细菌和古细菌的污染状况还惟独2%-3%，”Lipman说，“但之后就急速攀升，到2014年，已经临近了10%。今年到目前为止，这一比率达到23%”。Sanger讨论所的科学家们也发觉，DNA提取试剂盒、化学试剂和试验室环境中的杂菌很简单造成污染，影响微生物组分析的结果。讨论人员发觉，没有污染的话对比样本应当惟独一种菌，但有时却浮现了270种不同的细菌。与高生物量的样本相比（粪便样本），来自血液或肺部的低生物量样本尤其简单受到污染。“现在的DNA测序技术允许人们举行深度测序，被广泛用于稀有微生物群体的分析。我们发觉，这类样本很简单被其他来源的DNA污染，要么在收集样品的时候，要么在DNA提取和扩增过程中。污染会对讨论结果产生很大的影响，这一点需要讨论者们赋予足够的重视，”Sanger讨论所的AlanWalker博士说。而且微生物也不是唯一浮现这么多污染的讨论领域，去年伦敦高校学院的计算机专家WilliamLangdon发觉，千人基因组方案中起码7%受到了支原体遗传物质的污染（BioDataMining,7:3,2014），因此假如说你对污染的基因组感到头疼的话，放心，你不是唯一一个。