测序过程中出现的污染来自哪里？ .docxVIP

PAGE PAGE 1 测序过程中出现的污染来自哪里？ SupratimMukherjee在举行数据分析的时候，发觉数以百计的微生物基因组中会重复浮现同一种噬菌体序列，这令他感到很惊异。并不是惟独Mukherjee一人发觉此种状况，最近大量的报告表白，发表的基因组浮现污染要比之前想象的多得多。那么这些污染是如何浮现的呢？我们又能做些什么，避开这些状况的浮现呢？就此TheScientist杂志请教了几位讨论人员，他们共享了一些Tips，可以检测和预防浮现“流氓序列”。污染从哪里来？来自圣地亚哥州立高校的生物信息学家RobEdwards说，污染浮现的来源无数，“首先就是试验室成员可能混淆了两个样品，不当心给文件或者样本贴上了错误的标签。这些都可以通过加强试验室管理，提高试验记录保存制度等很简单解决。”另一方面，污染也有可能来自其它本不应当浮现在样品中的外来遗传物质，又或者来自培养细菌周围的环境，Edwards说。即使你认为自己测序的是单一培养产物，但是在一个测序循环中浮现多个物种的状况，并不少见。此外，假如正在测序来自人类肠道的微生物，那么样品中自然会浮现人体细胞，还有即使你只想要测序某个生物体的细胞核基因，也会浮现细胞内线粒体和叶绿体基因，这些也都是污染。这些污染固然很难彻低避开，但是可以实行一些措施：在测序之前清理样品，或者在测序结果中剔除污染的序列。Edwards的讨论组聚焦于来自环境样品的宏基因组测序，他表示其讨论组就经常利用过滤设备，按照大小对病毒和细菌混合物举行分别。假如他们推想样品中存在人体DNA的污染，那么就会先剔除这些序列，只留下微生物的基因样本。同样假如需要清除系统中的污染，比如PhiX对比序列，目标基因序列扩增测序用的引物和测序接头，还有克隆载体等，也可以采纳相类似的办法。考虑完这些，还有一个简单忽视的问题，那就是设备机器在试验过程中留下的污染，清晰了解这些污染的来源，可以协助讨论人员在测序后挑选办法剔除他们，Edwards说，假如污染重复浮现，那么大概就需要转变办法或调试机器了。然而污染的另一个来源是脏之间试验，出血，通过让基因由事先测序运行浮现在下一次的机器。爱德华兹说，只被察觉这种污染可能存在于你的试验可以协助您挑选将其删除后测序的办法。或者，假如它反复浮现，您可以尝试更改协议或故障排解您的机器。如何检测？毫无疑问，在试验过程中越早剔除污染物越好，“这些污染会增强试验挺直的成本，”来自爱丁堡高校的DominikLaetsch说，浮现污染，“每分钱理论上你得到的核苷酸信息就越少，”由于需要花时光处理和分析不需要的序列。但也有个好消息——即使序列中弥漫了PhiX、引物、载体和不想要物种的基因，还是能在别人看到你终于公布的基因组之前剔除它们。