作业调度系统.pptVIP

PBS的环境变量 变 量 名 说 明 登陆SHELL继承来的变量 包括$HOME，$LANG，$LOGNAME，$PATH，$MAIL，$SHELL和$TZ。 $PBS_O_HOST qsub提交的节点名称 $PBS_O_QUEUE qsub提交的作业的最初队列名称 $PBS_O_WORKDIR qsub提交的作业的绝对路径 $PBS_JOBID 作业被PBS系统指定的作业号 $PBS_JOBNAME 用户指定的作业名，可以在作业提交的时候用qsub –N 作业名指定，或者在PBS脚本中加入#PBS –N 作业名。 $PBS_NODEFILE PBS系统指定的作业运行的节点名。该变量在并行机和机群中使用。当在PBS脚本中用#PBS –l nodes=2:ppn=2指定程序运行的节点数时，可以使用$PBS_NODEFILE在脚本中引用PBS系统指定的作业运行的节点名。比如： #PBS –l nodes=2:ppn=2 mpirun –np 4 –machinefile $PBS_NODEFILE 程序名 $PBS_QUEUE PBS脚本在执行时的队列名 PBS作业脚本举例 # 这是一个串行作业脚本的例子 #PBS -N Loop.out #PBS -l nodes=1:ppn=1 cd $HOME/test/ ./a.out $HOME/result/a.result # 这是一个并行作业脚本的例子 #PBS -N vasp.Hg #PBS -l nodes=8:ppn=2 #PBS -q low echo This jobs is $PBS_JOBID@$PBS_QUEUE cd $PBS_O_WORKDIR mpirun -np 16 -machinefile $PBS_NODEFILE ./vasp 一个复杂的PBS作业脚本 #!/bin/bash #PBS -N jobname #PBS -l nodes=4:ppn=2 cat `echo $PBS_NODEFILE` $HOME/$PBS_JOBID.nodes for node in `cat $HOME/$PBS_JOBID.nodes` do rsh $node mkdir /tmp/$PBS_JOBID rsh $node cp -rf $PBS_O_WORKDIR/* /tmp/$PBS_JOBID/ done cd /tmp/$PBS_JOBID mpirun -np 8 -machinefile $PBS_NODEFILE $HOME/bin/vasp cp -rf /tmp/$PBS_JOBID/* $PBS_O_WORKDIR/ for node in `cat $HOME/$PBS_JOBID.nodes` do rsh $node rm -rf /tmp/$PBS_JOBID done rm $HOME/$PBS_JOBID.nodes 指定节点特性 # 这是一个并行作业脚本的例子 #PBS -N vasp.Hg #PBS -j oe #PBS -l nodes=2:ppn=12:amd #PBS -q low echo This jobs is $PBS_JOBID@$PBS_QUEUE NP=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l` cd $PBS_O_WORKDIR mpirun -np $NP -machinefile $PBS_NODEFILE ./vasp #PBS -l nodes=2:ppn=4:amd:chem #PBS -l nodes=1:ppn=8:chem+1:ppn=8:bio #PBS -l nodes=node1:ppn=8+node2:ppn=8 查询作业运行 作业提交后，会生成一个作业号，如： [dawning@node1 ~]$ qsub test.pbs 93.node1 查看集群作业运行状态： [dawning@node1 ~]$ qstat Job id Name User Time Use S Queue ---------------- ---------------- ---------------- -------- - ----- 93.node1 test.pbs zhaocs 0 R default 95.node1 vasp.Hg