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关于获取和蛋白质序列信息;生物信息学（Bioinformatics） ;生物信息数据库种类 :;一次、二次数据库特点;根据数据库存储的内容可将生物信息学数据库分为： ;第二节 核酸序列数据库 ;GenBank是具有目录和生物学注释的核酸序列综合数据库， 由美国国家医学图书馆（NLM）的国家生物技术信息中心（NCBI）构建、维护和管理。该中心位于美国马里兰国家健康研究所（NIH）。NCBI构建GenBank数据库的序列数据来至序列发现者提交的序列、批量提交的表达序列标签（EST）、基因组测序序列（GSS）和其它测序中心的高通量数据，以及美国专利商标局提供的已发表专利的序列数据。;GenBank、EMBL、DDBJ组成国际核酸序列数据库合作组织（INSDC），该组织成员远程合作，每天相互交换数据以保证序列信息的一致性和完整性。;检索GenBank数据 ;Entrez系统 使用Entrez（）可以访问GenBank中的序列记录，Entrez是一个灵活的数据库检索系统，可以检索35个数据库。Entrez数据库包含来源于GenBank和其它资源的DNA和蛋白序列，还包括基因组图谱、种群、进化和环境序列序列数据集、基因表达数据、NCBI分类学、蛋白结构域信息和来源于Molecular Modeling Database（MMDB）的蛋白结构数据库，每个数据库经由PubMed和PubMed Central与学术文献关联。 ;BLAST 序列相似性搜索 序列相似性搜索是GenBank数据最基本和使用最多的分析方式。NCBI提供BLAST（）系列程序检测一条查询序列与数据库所有序列的相似性。BLAST搜索可以在NCBI网站上运行，也可以在FTP站点下载独立的程序集运行。 ;用FTP获取GenBank NCBI以传统的纯文本文件格式发布GenBank，还以ASN.1格式用以内部维护。通过NCBI匿名FTP （）站点可以获得每两个月的全文公告和每天与EMBL和DDBJ数据更新内容，还可以从印第安纳大学的镜像站点（/biomirror/genbank/）下载。在“genbank”目录中的“daily-nc”文件夹中可以获得纯文本的更新数据压缩文件。在GenBank FTP站点的“tools”目录中提供转换每日更新数据集的脚本。;EMBL数据库 ;EBI核苷数据来自基因组测序中心、个别科学家、欧洲专利局、以及与合作伙伴DDBJ (Japan)和GenBank (USA)交换的数据。为了达到最佳的同步性，每天DDBJ/EMBL/GenBank之间都要交换最新的数据。用户只要进入三者中任意一个数据库都能得到最新数据。这三个数据库之间坚持统一的文件指导方针，规范了数据库登录的内容和语法。这种指导方针确保了这些数据库的信息以一种便捷的格式进行交换，它与当今的生物信息学软件兼容，反映了分子生物学领域的发展。;DDBJ数据库 ;其他重要的核酸序列数据库：;dbEST是GenBank中的一个子数据库，包含来源于不同物种的表达序列数据和表达序列标签序列的其它信息。 非编码RNA（ncRNA）数据库旨在提供非编码RNA的序列和功能信息。非编码转录物不编码蛋白质，但在细胞中起调节作用。目前，该数据库包含来源于99种细菌、古生菌和真核生物的30000多条单个序列。 miRBase序列数据库是主要存放已发表的microRNA(miRNA)序列和注释的数据库。 ;第二节 蛋白质序列数据库 ;PIR数据库;MIPS数据库 ;PRINTS是蛋白基序指纹图综合数据库，每个指纹图都是使用数据扫描程序ADSP或VISTAS序列分析软件包反复优化后定义的。数据库中有两种类型指纹图，根据指纹图的复杂性分为简单和复合指纹图：简单指纹图基本上是单一的基序，而复合指纹图包含多个基序。 ;;第三节 NCBI与EBI;EBI简介 EMBL-EBI研究团队旨在通过开发新方法解释生物学数据，了解生物学。研究领域包括：进化途径的基因组分析（Paul Bertone）；序列数据进化分析（Nick Goldman）；神经信号计算系统生物学（Nicolas Le Novere）；蛋白质组学：结构、功能和进化（Janet Thorton）；基因组规模调节系统分析（Nick Luscombe）和功能基因组学（Wolfgang Hubert）。;第四节 通过Entrez Gene从NCBI获取序列信息;Entrez Gene 检索 ;第二十七页，共三十七页，2022年，8月28日;第二十八页，共三十七页，2022年，8月28日;第二十九页，共三十七页，2022年，8月28日;第三十页，共三十七页，2022年，8月28日;第三十一页，共三十七页，2022年，8月28日;第五节 通过SRS从EBI中获取蛋白