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中国水稻品种及其系谱、指纹数据库 鄂志国 中国水稻研究所 科技信息中心6 第一页，共三十一页。 国家水稻数据中心 水稻科学数据的共享和利用 第二页，共三十一页。 国家水稻数据中心 水稻科学数据的共享和利用 第三页，共三十一页。 1）累计收录品种资料超过1.3万份； 2）基本收集齐国内审定品种、大面积推广品种、农家品种，等等，除品种外，还收录有不育系等材料 3）是国内唯一带有系谱追溯功能的水稻种质数据库，也是国内关于水稻品种最齐全的数据库 4）指纹鉴定（开发中，后文详细介绍…） 本数据库平台的特色 中国水稻品种及其系谱、指纹数据库 水稻科学数据的共享和利用 第四页，共三十一页。 第五页，共三十一页。 第六页，共三十一页。 各种相关数据的无缝整合是本数据库平台最大特色 第七页，共三十一页。 第八页，共三十一页。 通过系谱追溯功能，结合品种推广数据，再编写特定的程序包，我们还能够： 筛选骨干亲本，推演主推品种更迭规律 一次性检索出某个核心种质、不育系或恢复系所衍生的全部品种或配组组合，以及它们的应用面积 一次性检索出某类型不育系（如印水型）所配组的全部组合及其应用面积 本数据库平台的特色 中国水稻品种及其系谱数据库（特色功能） 水稻科学数据的共享和利用 第九页，共三十一页。 根据亲本的儿子、孙子和曾孙三代的表现，统计亲本的应用情况:分别按照后代数目和后代面积进行排序，从而推算骨干亲本 第十页，共三十一页。 以50万亩以上为主推品种，计算主推品种的淘汰率，如以某一年为观察起点，看看这年的主推品种大概需要几年，全部退出历史舞台，等等… 第十一页，共三十一页。 蜀恢527 衍生品种共计326个 第十二页，共三十一页。 本数据库平台的特色 水稻功能基因数据库 水稻科学数据的共享和利用 第十三页，共三十一页。 第十四页，共三十一页。 将不同文献中的同一基因汇总到一起 第十五页，共三十一页。 将不同文献中的同一基因汇总到一起 第十六页，共三十一页。 DTH2电子注释 基因结构图，我们自主编写的SVG脚本程序生成， 指纹实物图，是否也能通过程序自动生成？可以尝试，当然，也可以直接截取原始图片. 尝试对日本晴基因组的全部5万多个基因进行电子注释 第十七页，共三十一页。 gene ontology (GO) →基因功能，影响的生物学进程 trait ontology (TO) →基因所影响的表型 plant ontology (PO) →基因表达的时空性 本数据库平台的特色 管理基因数据库的ontology系统 水稻科学数据的共享和利用 第十八页，共三十一页。 自主开发了ontology系统； ontology，实质是对基因进行分类和注释 与传统的关键字或图书馆分类不同，ontology的术语之间有关联性，如“水稻”和“禾本科植物” 本数据库平台的特色 管理基因数据库的ontology系统 水稻科学数据的共享和利用 第十九页，共三十一页。 本数据库平台的特色 Ontology系统管理水稻基因数据 水稻科学数据的共享和利用 第二十页，共三十一页。 1）服务于品种数据库和基因数据库： 文献中的品种信息析出并录入到品种数据库;文献中的基因相关信息录入到基因数据库； 2）累计收录中英文水稻文献超过2.86万份:下一步：做成内网可以直接下载原文… 下一步：使用ontology进行管理(中国农科院信息所计划有项目资助) 本数据库平台的特色 水稻文献数据库 水稻科学数据的共享和利用 第二十一页，共三十一页。 文献数据库的作用：由于重要数据都列出了数据来源，当不同来源的数据不一致时，用户可以自行判断 第二十二页，共三十一页。 将NCBI、GRAMENE等数据库收录的有关水稻的所有生物学数据，全部融入进来，并对其中的基因和蛋白进行GO和TO注释； 目前正在做的工作 水稻科学数据的共享和利用 中国水稻品种及其系谱数据库 中国水稻品种及其系谱、指纹数据库 第二十三页，共三十一页。 特点和工作基础： (1) 指纹跟系谱相结合，可以相互印证; (2)使用Windows Server 2008和SQL Server 2005架构，数据库的高效、安全和稳定有保障； (3)我们有自己的高效服务器和足够的带宽，当然，是否对外开放、如何开放，可以自主控制； 本数据库平台的特色 中国水稻品种及其系谱、指纹数据库 第二十四页，共三十一页。 实现过程： (1) 服务器系统：Windows Server 2008+IIS 6.0; (2)底层数据库：SQL Server 2005； (3)开发技术： DHTML(HTML+CSS+javascript)； ASP.net(运行环境)；VB.net(编程语言)；SVG+VML(可缩放矢量图形，程序