一种基于分子动力学的视紫红质光循环模拟方法.pdfVIP

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2023-05-10 发布于北京
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一种基于分子动力学的视紫红质光循环模拟方法.pdf

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本发明请求保护一种分子动力学视紫红质蛋白光循环模拟研究方法，以单聚体进行模拟研究，属于神经科学领域和分子动力学领域。具体步骤如下：(1)使用高斯软件对发色团C12‑C13＝C14‑C15二面角进行扭转并进行角度调整；(2)将单聚体蛋白在CHARMM‑GUI软件嵌入细胞膜环境嵌入，对发色团小分子进行单独的力场设置(3)使用NAMD软件进行平衡态分子动力学模拟(4)对分子动力学轨迹进行分析，通过AMBER的cpptraj模块和VMD的tcl文件进行对应的分析。(5)使用拉伸分子动力学和伞形取样的方式

(19)国家知识产权局 (12)发明专利申请 (10)申请公布号 CN 114530192 A (43)申请公布日 2022.05.24 (21)申请号 202210156563.4 (22)申请日 2022.02.21 (71)申请人重庆邮电大学