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多相分类的资料第1页/共13页 放线菌系统学的两个基本任务：一是利用现代系统学的理论和手段，将分类的对象置于适当的分类界元；二是研究分类单元（taxa）之间的系统发育关系。多相分类(polyphasic systematics)利用现代技术手段获得的放线菌表观和分子信息，进行放线菌的分类鉴定研究。 第2页/共13页 多相分类(polyphasic systematics)多相分类（polyphasic taxonomy）的概念最初由Colwell于1970年提出，指利用微生物多种不同的信息，包括表型、基因型和系统发育的信息，综合起来研究微生物分类和系统进化的过程。多相分类几乎包括了现代分类中所有方面，如传统分类、化学分类、分子分类、数值分类等，被认为是目前研究各级分类单位的最有效手段，可用于所有水平上的分类单位的描述和定义。第3页/共13页 多相分类信息在不同分类水平的适用性第4页/共13页 9.1 种的概念“种”是最基本的分类单位(taxa)目前大家比较接受的概念是：16S rRNA相似性小于98％（序列碱基差异数小于2obp)、DNA同源性小于70％为“种”的界限。------------这不是绝对的，也非唯一标准。16S rRNA相似性在98.5％-99％，仍有50％可能是新种。当前不主张定变种或亚种。第5页/共13页 9.2属的概念16S rRNA相似性小于95％，且在进化树上形成稳定的独立分支（dade)，又具有特征性碱基，可以大体作为属的界限。很多放线菌的细胞壁都同时含有L-DAP和me-so-DAP，难以按Lechevalier夫妇的分型原则划分成不同的氨基酸类型；全细胞糖的含量也同样难于分型。在做属的描述时，就直接叙述16S rRNA特征性碱基和细胞壁氨基酸末端序列，细胞壁氨基酸、全细胞糖、磷脂、醒、脂肪酸等的组成。第6页/共13页 9.3 值得进行分类鉴定的菌株当前要完成一个菌株的多项分类，将其鉴定到种，一般需要3-6个月时间，至少5000元人民币的花费。从发现新资源的角度，什么菌株值得鉴定？第7页/共13页 值得分类鉴定的菌株第一，具有特殊形态与化学的菌株 如细胞壁含L-DAP和甘氨酸，气丝顶端有大孢囊，孢囊孢子游动或不游动。细胞壁含meso-DAP和甘氨酸，气丝有孢囊或长孢子链；气丝断裂。第二，具有特殊生理特性的菌株如能在15％以上氯化钙，25％以上其他盐生长的菌种；能在pH 12以上或3以下生长的菌种；能在90℃以上、4℃生长良好的菌种；抗高辐射的菌种等，从这些菌株发现新物种的可能性很大。第三，有实际用途或有开发前景的菌株。 即使是已知种也应该鉴定。第8页/共13页 9.4 放线菌分类鉴定的基本程序菌株提取DNA16SrDNA 序列测定、提交Genbank ,搜索相似性序列，比对。PCR扩增16SrDNA可能新种已知种构建进化树多相分类第9页/共13页 9.5 放线菌分类地位《伯杰氏细菌系统学手册》(第二版)将放线菌归属于:细菌域 古生菌域 真核生物域 放线菌门 放线菌纲 放线菌亚纲 放线菌目 放线菌科 放线菌属 放线菌种第10页/共13页 放线菌纲分为 5 个亚纲： 酸微菌亚纲(Acidimicrobidae)：红色杆菌亚纲(Rubrobacteridae)：科里氏杆菌亚纲(Coriobacteridae)：球杆菌亚纲(Sphaerobacteridae)：放线菌亚纲(Actinobacteridae 双歧杆菌目 放线菌目 10亚目、40个科、170多个属 第11页/共13页 谢 谢！第12页/共13页 感谢观看！第13页/共13页