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基于ssr标记的郑58和掖478遗传多样性分析 郑58和叶478是中国的中心自交系，也是玉米育种的起始材料。掖478为母本、昌7-2为父本选育出的安玉5号是河南省玉米杂种优势利用的具有代表性的杂种优势组合模式,提高了玉米产量,促进玉米育种的提高,初步奠定了“瑞德群×黄早四群”,成为我国黄淮海主要育种模式。郑58是掖478为母本进行杂交选育出的新的骨干自交系,以郑58为母本、昌7-2为父本选育出的郑单958目前年推广面积达到400万hm2,成为我国的第一大作物品种。郑58比掖478在耐密性、抗病性、容重、出籽率都有明显的遗传改进。本研究采用SSR标记研究两个自交系之间的基因组差异,对玉米育种提供参考。 1 材料和方法 1.1 试验材料 供试自交系为郑58和掖478,由河南省农科院粮食作物研究所提供。 1.2 实验方法 1.2.1 提取各组dna 采用郭景伦等的玉米单粒种子DNA快速提取法并加以改进,提取基因组DNA。 1.2.2 sr索引 1.2.3 变性2in,c PCR反应过程:94℃预变性5 min,1个循环;94℃变性1 min,60℃退火90 s,每循环降低0.5℃,72℃延伸2 min,20个循环;94℃变性1 min,56℃退火90 s,72℃延伸2 min,20个循环;72℃延伸10 min。 反应终止后在45 W功率条件下,取5μL扩增产物在制备好的6%的聚丙烯酰胺凝胶板上电泳约90 min。 1.2.4 银染色 结合Bassam和Sanguinetti的方法并加以改进进行银染和显影。 1.3 ssr位点的多态性信息聚合酶pic 根据筛选出的具有多态性引物的扩增结果,将相同迁移率位置上的SSR扩增引物,有带的记为1,无带记为0,缺失记为9。根据Smith方法,计算SSR位点的多态性信息量(Polymorphism information content,PIC)按照公式PIC=1-Σfi2计算,fi2表示i位点的基因频率。按照Nei等方法,计算自交系间的遗传相似系数(GS),GS=m/(m+n),其中m为基因型间共有带数目,n为差异带数目。 2 结果与分析 2.1 引物的遗传相似性 郑58和掖478扩增和电泳分析(表1、图1)表明,200对SSR引物中有57对引物具有多态性,多态性标记比率达到28.5%,遗传相似度为71.5%。200对引物共计扩增出424个SSR等位性片段,其中有113个多态性等位片段,遗传杂合度为26.7%,遗传相似度为74.3%。说明郑58和掖478之间具有一定差异。 2.2 多态性引物的出现 57个多态性标记分布于(除第5条染色体之外)基因组的其他9条染色体上,其中第1条染色体上有8个多态性引物;第2条有3个;第3条有27个,多态性引物出现最多;在第4条有2个;第6条有6个;第7条有7个;第8条有2个;第9条有1个;第10条有2个,说明多态性标记的不均匀分布。SSR多态性标记在不同染色体上呈现不均匀性分布,每对引物可检测到2~4个等位基因,平均为2.4个,PIC分布范围为0.422~0.625。 2.3 第3条染色体多态性引物 SSR多态性标记在同一染色体上不同区域的分布密度不同,第1条染色体上共有8个多态性引物,在1.08区出现4个多态性引物,是引物出现的集中区;第3条染色体上出现27条多态性引物,在3.09区出现11个多态性引物,该区对于郑58和掖478来说是一个多态性引物集中区,分布密度最大;第6条染色体上共有6个多态性引物,其中在6.00区出现3条多态性引物;第7条染色体上共有5个多态性引物,其中7.01区出现3条多态性引物。表明这些染色体区域为易发生遗传变异,可能是性状改变的遗传基础。 3 ssr多态性标记与产量等性状的相关性 郑58和掖478是既有差异又有较高遗传相似度的遗传材料。这两个自交系是我国重要的骨干自交系。采用昌7-2为父本,分别组配出我国两个主栽品种安玉5号和郑单958。郑单958产量比安玉5号高15.2%。亲本自交系基因组差异是杂交种产量差异的遗传基础。研究基因组DNA分子标记水平上的遗传差异与产量等性状之间的相关性,有助于挖掘与产量相关的基因标记和染色体区域。 在不同染色体上SSR多态性标记的数量不同,可能揭示出特定的染色体易于发生遗传重组和变异,这些变异有可能与产量配合力有关。因此,研究多态性标记较多的染色体与产量的关系对育种具有指导意义。 在同一染色体不同区段多态性标记分布密度不同。研究多态性标记集中区与产量等性状之间的相关性,从而找出该区对产量的贡献份额。 在本研究的基础上,通过分子标记辅助选择建立系列近等基因系,且与昌7-2杂交进行配合力测试,能够找到与产量配合力有关的染色体和染色体区域。 PCR反应体系:反应总体系为20μL,其中12.35μL d