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生物信息学在dna甲基化研究中的应用 在多细胞生物的发育过程中，细胞的如何分裂在很大程度上取决于其内部的遗传因素，基因的表达模式不仅取决于细胞内遗传因素的作用，还与表观遗传因素密切相关。在中医学中，da基因的异质结特征表现为第5个天然杂交轨道上的第五个碳原子-cpg-3和da基因的异质结特征。在动物中，二甲基化合物形成5-cpg-3和da。对于遗传诱导因素，da参与了各种细胞生理活动，如基因的时空异质表达、x染色体的失去、衰老和肿瘤的发生。甲基化的cpg-2脂肪酸通过引入特定的转移抑制因子，或阻碍转移激活因素的结合，以抑制遗传因素的表达。为了在基因调节中发挥重要作用，以sun杂志作为代表的人类表观矩阵联盟于2000年10月开始了人类表观矩阵（hep），以控制人类多个组织的dna基因。目前，该计划已完成12个组织的第6号、20号和22号染色体的检测工作。 人类基因组中,70%~80%的CpG双核苷酸处于DNA甲基化状态.非甲基化的CpG不是均匀分布,而是呈现局部聚集倾向,形成一些GC含量较高、CpG双核苷酸相对聚集的区域,即CpG岛.根据Gardiner-Garden等的定义,CpG岛是一段长度不小于200 bp、GC含量不小于50%、CpG含量与期望含量之比不小于0.6的区域.由于该定义将一些重复片段也包含其中,Takai和Jones将CpG岛重新定义为长度不小于500 bp、GC含量不小于55%、CpG含量与期望含量之比不小于0.65的区域.据统计,多于50%的基因的启动子区含有CpG岛.在早期的认识中,CpG岛都是非甲基化的,但是随着研究的不断深入,人们发现在印迹基因、失活的X染色体甚至是正常的体细胞中都存在甲基化的CpG岛.部分CpG岛的异常甲基化常常伴随着癌症等疾病的发生. 近年来,随着高通量的DNA甲基化检测技术的出现,DNA甲基化的生物信息学研究得到了很大的发展.一系列具有较好精度的DNA甲基化预测工具不仅成为实验检测技术的补充,也反映了DNA甲基化本身是有规律可寻的,这启发了研究者们对于DNA甲基化内在机制的探索.DNA甲基化具有序列偏好性的观点得到进一步证实,Cp G岛边界序列通过结合特定转录因子使Cp G岛不易被甲基化的机制假说也有了更多的证据.同时,研究疾病特别是癌症中DNA甲基化的特点和规律、发现与特定癌症相关的甲基化生物标记(biomarker),成为DNA甲基化研究中新的热点问题. 本文综述了目前关于人的DNA甲基化研究中生物信息学研究的最新进展.首先介绍了DNA甲基化的高通量检测方法和相关数据库,然后重点综述了DNA甲基化的预测研究和CpG岛不易被甲基化的机制探索,紧接着简要阐述了DNA甲基化同癌症以及其他表观遗传学现象之间的关系,最后一部分是作者基于DNA甲基化的工作体会对于今后研究方向的展望. 1 检测dna甲基化的方法 DNA甲基化的检测大体分为两个步骤:a.待检测样品的前期处理;b.目标序列的定位和甲基化状态的量化.待检测样品的前期处理方法主要包括三大类:a.亚硫酸氢钠(sodium bisulfite)法,亚硫酸氢钠把非甲基化的胞嘧啶转化为尿嘧啶,而保持甲基化的胞嘧啶不变,以此实现两类的分离,此方法因其准确率高而被誉为检测DNA甲基化的“金方法”;b.限制性内切酶(restriction enzyme)法,限制性内切酶可以切割非甲基化的位点,而甲基化以后的识别位点将被保留;c.利用特定抗体对甲基化的胞嘧啶进行免疫沉淀反应(immunoprecipitation).这三种方法的主要特点见表1.前期处理实现了甲基化和非甲基化的胞嘧啶分离以后,可以对分离出的甲基化DNA片段进行基因芯片杂交或者大规模深度测序,实现高通量的检测(图1).以上两个步骤的不同组合产生了多种高通量的实验检测技术,如亚硫酸氢钠+测序、亚硫酸氢钠+芯片技术、酶切+芯片技术、甲基化抗体+芯片技术等.目前很多实验室利用以上技术对不同组织中的DNA甲基化状态进行了检测,具体情况见表2. 2 数据库建设模式 数据库的构建是生物信息学研究的重要内容.目前发表的较大规模的DNA甲基化相关数据库有4个:Meth DB、Methy Cancer、Pub Meth和Meth Cancer DB,数据情况见表3.其中,Meth DB是最早整合文献中DNA甲基化数据的数据库,也是涵盖物种和组织最多的数据库,其余3个数据库都采用了文献挖掘的方法,收集了文献中已报道的与特定癌症相关的一些DNA甲基化模式.Meth DB和Methy Cancer还提供了DNA甲基化的可视化工具.通过对现有的分散的DNA甲基化数据的整理分析,这些数据库提供了内容独立、记录相对完整、格式比较统一的数据资源,为后期的深入挖掘提供了极大便利.随着大规模深度测序技术在DNA甲